regex - AWK：将行写入多个文件

Question

我正在尝试使用 awk 从 FASTA 文件中提取序列。

例如，文件看起来像这样，它包含 703 个序列。我想将它们中的每一个提取到单独的文件中。

>sequence_1
AACTTGGCCTT
>sequence_2
AACTTGGCCTT
.
.
.

我正在使用这个 awk 脚本：

awk '/>/ {OUT=substr($0,2) ".fasta"}; OUT {print >OUT}'file.fasta

...这有效，但仅适用于第 16 个，然后我收到一条错误消息；

.fasta makes too many open files
input record number 35, file file.fasta
source line number 1

score 3 · Accepted Answer

完成后您需要关闭文件。尝试：

awk '/>/ {close(OUT); OUT=substr($0,2) ".fasta"}; OUT {print > OUT}' file.fasta

1 回答 1