python - scipy 稀疏矩阵作为 petsc4py 的输入

Question

我似乎无法找到一种方法如何有效地将 scipy 稀疏矩阵（例如csr_matrix）加载到 petsc4py 矩阵中，例如PETSc.Mat().createAIJ. 我找到了这个线程，但我无法应用它。

我也很感激一个指针，这些东西实际记录在哪里。目录中的示例 demo只解释了一部分，我看不到任何文档字符串。

Answer 1

您的链接说要在 PETSc 中创建稀疏矩阵，您应该使用如下命令：

PETSc.Mat().createAIJ(size=(nrows,ncols), csr=(ai,aj,aa))

据此，在 PETSc 中，ai和aj是：aa

> i - row indices
> j - column indices
> a - matrix values

这些分别等同于 a 的.indptr,.indices和.data属性，有关详细信息scypy.sparse.csr_matrix，请参阅文档。

因此，如果您的链接正确，则以下内容应该有效：

>>> from petsc4py import PETSc
>>> import scipy.sparse
>>> csr_mat = scipy.sparse.rand(1000, 1000, density=0.001, format='csr')
>>> petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=csr_mat.shape,
...                                   csr=(csr_mat.indptr, csr_mat.indices,
...                                        csr_mat.data))

不幸的是，我无法自己测试它。