16

我有一个脚本,其中包含多个块,这些块的行看起来像这样......

#Read data for X
DataX = read.delim(file = 'XRecords.txt',
                   col.names = XFields[,'FieldName'])
print('Data X read')
#Convert fields that should be numeric into numeric so they can summed
DataX[,NumFieldNames] = as.numeric(as.character(XData[,NumFieldNames]))
print('Data X scrubbed')

当我获取脚本时,我得到这样的输出......

[1] "Data X read"
[1] "Data X scrubbed"
[1] "Data Y read"
[1] "Data Y scrubbed"
Warning message:
In eval(expr, envir, enclos) : NAs introduced by coercion

基于该输出,我重新加载数据 Y 并开始查找字符串到数字转换失败的记录。经过几个小时的挫折,我意识到数据 X 实际上是有类型转换错误的那个。

看起来正在发生的事情是引发了警告,但在脚本完成之前它不会显示在控制台上。有没有办法让警告一出现就输出到控制台?我尝试了flush.console(),但它似乎不适用于警告。

如果可以避免的话,我宁愿不要在我的系统上加载任何额外的包。我正在使用它来工作,为了在我的计算机上安装 CRAN 发行版,我不得不跳过几圈。

谢谢你。我很感激帮助。

4

2 回答 2

20

让我们举个例子来说明问题

foo <- function() {
  X <- c("1", "2", "three")
  print("Data X read")
  X <- as.numeric(X)
  print("Data X scrubbed")
  Y <- c("1", "2", "3")
  print("Data Y read")
  Y <- as.numeric(Y)
  print("Data Y scrubbed")
}

如果运行(甚至以交互方式),您看到的行为就会出现

> foo()
[1] "Data X read"
[1] "Data X scrubbed"
[1] "Data Y read"
[1] "Data Y scrubbed"
Warning message:
In foo() : NAs introduced by coercion

warn使用选项处理警告行为(请参阅 参考资料help("options"))。这给出了选择,包括

如果warn是 1,则在出现警告时打印警告。

将选项更改为 1 然后给出

> options(warn=1)
> foo()
[1] "Data X read"
Warning in foo() : NAs introduced by coercion
[1] "Data X scrubbed"
[1] "Data Y read"
[1] "Data Y scrubbed"
于 2013-03-15T18:45:35.547 回答
-1

问题是 R 中的警告被打印到 stderr 而不是 stdout。刷新 stderr 和 out 应该可以解决问题。

flush(stderr())
于 2013-03-15T18:23:26.470 回答