14

我不确定默认的 python 安装是否是我一直在安装模块的那个,以及这是否可能是导致 Unicode 字节大小兼容性错误冲突的原因。简而言之,我使用 Python 2.7.3 安装了 Numpy 1.7,当我尝试安装使用 Python 和 Numpy 作为依赖项的其他程序时,我收到此错误:

Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 20, in <module>
    from weblogolib import __version__
  File "/home/chris/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 108, in <module>
    from numpy import array, asarray, float64, ones, zeros, int32,all,any, shape
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString

所以我想我有一个冲突的 unicode 字节大小(2 字节与 4 字节)。我去检查我是否有可能会搞砸的 Python 版本冲突。

python --version
Python 2.7.3

但这似乎与

which python
/usr/local/bin/python

当我去/usr/local/bin我发现这些文件(与python相关):

python
python2
python2.7
python-config
python2-config
python2.7-config

现在我已经将 numpy 安装到 dist-packages 目录中,/usr/lib/python2.7/dist-packages该目录对应于我得到的python --version. 但是,当我尝试which python获取目录时,我python并不python2.7担心当我尝试安装使用 python 和 numpy 作为依赖项的程序时,这可能会发生冲突。

所以我想澄清我的问题:这些普通文件是要为 python 安装找到还是我以某种方式安装了三个不同的版本?他们是否会导致我使用无法识别的符号出错?如果它们确实是无关版本,有没有办法卸载?

感谢您的任何帮助,您可以提供!

哦,这是我之前遇到的问题的链接,我PYTHONPATH在尝试修复我得到的 ImportError 时进行了编辑,如果这可能会影响事情.... ImportError: No module named numpy

以下是尝试 virtualenv 的结果:

chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ virtualenv weblogo-3.3
New python executable in weblogo-3.3/bin/python
Installing setuptools.............done.
Installing pip...............done.
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ cd weblogo-3.3
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ source bin/activate
(weblogo-3.3)chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ pip install numpy
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages
Cleaning up...
4

2 回答 2

13

问题确实似乎是 Python 和 Numpy 编译设置不匹配。

/usr/local/bin 是安装自定义 Python 的位置,您应该尝试使用 /usr/bin/python 来运行。

另一种解决方案是使用 virtualenv。试试这个:

virtualenv myproject
cd myproject
source bin/activate
pip install numpy

基本上,virtualenv 在“myproject”目录中使用自己的包设置不同的 Python 安装。运行“激活”命令会告诉系统您要使用此安装而不是默认系统。这使您可以为不同的项目拥有不同的 Python 环境。使用 virtualenv,每个项目都可以拥有自己的 Python 包版本,即使它们与其他项目或系统包不兼容。

请注意,每次打开新外壳并想要使用该虚拟环境时,都必须重复“源”命令。此外,您可能必须使用操作系统包管理器安装 virtualenv 命令。如果这不可能(例如您没有 root 访问权限)或者您的操作系统版本由于某种原因太旧,您也可以从https://pypi.python.org/packages/source/v/手动下载它虚拟环境/

如果你执行 ls -l /usr/local/bin/python* 你应该看到 python 和 python2 实际上是 python2.7 的符号链接,同样 python-config 和 python2-config 是 python2.7-config 的符号链接。

于 2013-03-14T07:30:41.627 回答
1

你在什么操作系统上?对于超级用户来说,这更像是一个问题,但请尝试这样的事情。如果您还没有,请 丢弃easy_install并使用。pip

在 Ubuntu 上:

sudo apt-get install python-setuptools 
sudo easy_install pip 
pip install --user numpy
于 2013-03-14T07:25:21.267 回答