我不确定默认的 python 安装是否是我一直在安装模块的那个,以及这是否可能是导致 Unicode 字节大小兼容性错误冲突的原因。简而言之,我使用 Python 2.7.3 安装了 Numpy 1.7,当我尝试安装使用 Python 和 Numpy 作为依赖项的其他程序时,我收到此错误:
Traceback (most recent call last):
File "setup.py", line 20, in <module>
from weblogolib import __version__
File "/home/chris/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 108, in <module>
from numpy import array, asarray, float64, ones, zeros, int32,all,any, shape
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString
所以我想我有一个冲突的 unicode 字节大小(2 字节与 4 字节)。我去检查我是否有可能会搞砸的 Python 版本冲突。
python --version
Python 2.7.3
但这似乎与
which python
/usr/local/bin/python
当我去/usr/local/bin
我发现这些文件(与python相关):
python
python2
python2.7
python-config
python2-config
python2.7-config
现在我已经将 numpy 安装到 dist-packages 目录中,/usr/lib/python2.7/dist-packages
该目录对应于我得到的python --version
. 但是,当我尝试which python
获取目录时,我python
并不python2.7
担心当我尝试安装使用 python 和 numpy 作为依赖项的程序时,这可能会发生冲突。
所以我想澄清我的问题:这些普通文件是要为 python 安装找到还是我以某种方式安装了三个不同的版本?他们是否会导致我使用无法识别的符号出错?如果它们确实是无关版本,有没有办法卸载?
感谢您的任何帮助,您可以提供!
哦,这是我之前遇到的问题的链接,我PYTHONPATH
在尝试修复我得到的 ImportError 时进行了编辑,如果这可能会影响事情.... ImportError: No module named numpy
以下是尝试 virtualenv 的结果:
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ virtualenv weblogo-3.3
New python executable in weblogo-3.3/bin/python
Installing setuptools.............done.
Installing pip...............done.
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software$ cd weblogo-3.3
chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ source bin/activate
(weblogo-3.3)chris@ubuntu:~/Documents/IS/Bioinformatics-Software/weblogo-3.3$ pip install numpy
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages
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