r - R热图中的白色区域

Question

我的热图有一个奇怪的问题，它有白色区域，但我从未指定白色。

# cluster.in.da is my data
cluster.in.da <- t(scale(t(cluster.in.da)))
quantile.range <- quantile(cluster.in.da, probs = seq(0, 1, 0.01))
palette.breaks <- seq(quantile.range["5%"], quantile.range["95%"], 0.01)
color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.breaks) - 1)
heatmap(cluster.in.da,scale="none",breaks=palette.breaks,col=color.palette)

白色区域是什么意思？我认为这与我的数据有关，可能是什么问题？

提前致谢。

Answer 1

这很可能是因为您设置了 5-95% 分位数限制的中断。R 不知道在这个范围之外分配什么颜色。例子...

#No NA's in the data
m <- matrix( rnorm(100) , nrow = 10 )
quantile.range <- quantile( m , probs = seq(0, 1, 0.01) )
palette.all <- seq( quantile.range["0%"], quantile.range["100%"], 0.01 )
palette.half <- seq( quantile.range["50%"], quantile.range["100%"], 0.01 )


color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.all) -1)
h.all( m , scale="none",breaks=palette.all,col=color.palette)

color.palette  <- colorRampPalette(c("green", "black", "blue"))(length(palette.half) -1)
h.all( m , scale="none",breaks=palette.half,col=color.palette)