linux - 从 perl 在 linux 中运行程序

Question

我想通过使用系统命令（或任何其他方式）从 perl 运行程序。

系统（“samtools”）；

我认为它应该将它传递给 shell，但它抱怨，当我运行它时，不能执行“samtools”文件或目录不存在。我尝试了许多其他不同的程序，例如

系统（“天鹅绒”）；

它工作正常，但不是这个（samtools）。你们中有人遇到过这个问题吗？我真的很困惑。

Answer 1

您可以提供该文件位置的完整路径。

例子：

system( "/usr/bin/perl -de 1");

Answer 2

尝试将 Linux 命令放在 `` 字符中。也会起作用。

Answer 3

您是否在当前 shell 中手动修改$path了 for ？samtools

由于system启动了一个新的子 shell 来运行您的命令，samtools如果您的.bashrc. 通过以下方式检查：

perl -e 'system("echo \$PATH")'

和

echo $PATH

看看有没有什么不同。