11

我的系统是 Mac OS X v10.8.2。我有几个 2560x500 未压缩的 16 位 TIFF 图像（灰度、无符号 16 位整数）。我首先尝试使用 PIL 加载它们（通过 Homebrew 安装，版本 1.7.8）：

from PIL import Image
import numpy as np

filename = 'Rocks_2ptCal_750KHz_20ms_1ma_120KV_2013-03-06_20-02-12.tif'
img = Image.open(filename)

# >>> img
# <PIL.TiffImagePlugin.TiffImageFile image mode=I;16B size=2560x500 at 0x10A383C68>

img.show() 

# almost all pixels displayed as white.  Not correct.  
# MatLab, EZ-draw, even Mac Preview show correct images in grayscale.

imgdata = list(img.getdata()) 

# most values negative:
# >>> imgdata[0:10]
# [-26588, -24079, -27822, -26045, -27245, -25368, -26139, -28454, -30675, -28455]

imgarray = np.asarray(imgdata, dtype=np.uint16) 

# values now correct
# >>> imgarray
# array([38948, 41457, 37714, ..., 61922, 59565, 60035], dtype=uint16)

负值相差 65,536... 可能不是巧合。

如果我假装通过 PIL 更改像素并恢复为 TIFF 图像（只需将数组作为图像放回）：

newimg = Image.fromarray(imgarray)

我收到错误：

File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/PIL/Image.py", line 1884, in fromarray
    raise TypeError("Cannot handle this data type")
TypeError: Cannot handle this data type

Image.fromarray()我在 PIL 文档中找不到。我已经尝试通过加载Image.fromstring()，但我不了解 PIL 文档，并且几乎没有示例。

如上面的代码所示，PIL 似乎将数据“检测”为I;16B. 从我从 PIL 文档中可以看出，模式I是：

*I* (32-bit signed integer pixels)

显然，这是不正确的。

我在 SX 上发现很多帖子表明 PIL 不支持 16 位图像。我找到了使用 pylibtiff 的建议，但我相信这只是 Windows？

我正在寻找一种在 Python 中处理这些 TIFF 图像的“轻量级”方式。我很惊讶它是如此困难，这让我相信这个问题对其他人来说是显而易见的。

4

2 回答 2

8

事实证明，Matplotlib 用两行代码处理 16 位未压缩的 TIFF 图像：

import matplotlib.pyplot as plt
img = plt.imread(filename)

# >>> img
# array([[38948, 41457, 37714, ..., 61511, 61785, 61824],
#       [39704, 38083, 36690, ..., 61419, 60086, 61910],
#       [41449, 39169, 38178, ..., 60192, 60969, 63538],
#       ...,
#       [37963, 39531, 40339, ..., 62351, 62646, 61793],
#       [37462, 37409, 38370, ..., 61125, 62497, 59770],
#       [39753, 36905, 38778, ..., 61922, 59565, 60035]], dtype=uint16)

等等。我想这不符合我作为“轻量级”的要求，因为 Matplotlib（对我来说）是一个沉重的模块，但是将图像放入 Numpy 数组非常简单。我希望这可以帮助其他人快速找到解决方案，因为这对我来说并不明显。

于 2013-03-08T11:32:31.820 回答
5

试试Pillow，“友好”的 PIL 前叉。他们最近在 numpy 数组接口中添加了对 16 位和 32 位图像的更好支持。此代码适用于最新的 Pillow：

from PIL import Image
import numpy as np

img = Image.open('data.tif')
data = np.array(img)
于 2014-02-14T16:04:36.920 回答