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所以我最近经常遇到这个问题。假设我有一个文本文件，我需要从中读取文件，将一些值存储在列表中。接下来，我想使用该列表中的信息来编辑另一个文件。
我一直在打开文件，将变量存储在列表中，关闭文件。再次打开文件，运行实际分析并再次关闭文件。
我在想可能有更好的方法来解决这个问题。我在下面包含了一个示例...

与往常一样，我将不胜感激任何帮助/建议！

我有这个文件：

>sctg_0002_0001  length=2745
TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCT
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
TTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
>sctg_0003_0001  length=2175
CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
...

当我运行这个脚本

from Bio import SeqIO
out=open("out.txt","a")
ID=[]
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    ID.append("_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])) #get the part following the ">"

n=1
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    if n==len(ID):
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[0]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
        break
    else:
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[n]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
out.close()

我得到了预期的输出，但是我认为可能有更好的方法来解决它

SEQUENCE_ID=sctg_0002_0001e_0003_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
=
SEQUENCE_ID=sctg_0003_0001e_0004_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0004_0001e_0005_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0005_0001e_0002_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
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您可以在一个循环中完成所有处理并避免使用 list ID。我认为它更清洁：

from Bio import SeqIO
out = open("out.txt", "a")
records = list(SeqIO.parse("input.fas","fasta"))
previous = records[-1]
for record in records:
    id = "_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])
    out.write("SEQUENCE_ID=" + previous.id + "e_" + id + "b\n")
    out.write("SEQUENCE_TEMPLATE =%s\n=\n" % previous.seq)
    previous = record
out.close()
于 2013-03-07T22:14:32.423 回答