r - 在 Rprofile.site 中使用 .libPaths 更改 R 默认库路径无法正常工作

Question

我在 Windows 上运行 R，而不是作为管理员。当我安装软件包时，以下命令不起作用：

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装一个包，我必须指定一个库位置：

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载一个包，我还必须指定库位置：

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这一切都很好，但我想看看我是否可以C:/software/Rpackages以某种方式添加到库路径中，因此不必每次都输入它。

当我在网上搜索时，我发现一种方法是编辑Rprofile.site文件并添加该行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

但是，在这样做并启动 RStudio 之后，这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library"

.libPaths我添加到的命令似乎Rprofile.site没有任何效果！为什么会这样？或者更重要的是，我怎样才能解决这个问题，以便我可以在不输入库位置的情况下安装和加载包？

注意：如果我启动 RStudio，该.libPaths()命令似乎可以正常工作

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

这不是很奇怪吗？

score 266 · Accepted Answer

正确的解决方案是将环境变量设置R_LIBS_USER为所需库文件夹的文件路径的值，而不是让 RStudio 识别 Rprofile.site 文件。

要在 Windows 中设置环境变量R_LIBS_USER，请转到控制面板（系统属性 -> 高级系统属性 -> 环境变量 -> 用户变量）到所需的值（库文件夹的路径），例如

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages

如果由于某种原因您无法访问控制面板，您可以尝试rundll32 sysdm.cpl,EditEnvironmentVariables从 Windows 上的命令行运行并从那里添加环境变量。

设置 R_LIBS_USER 将确保库首先显示在 .libPaths() 中，无论是直接启动 RStudio 还是通过右键单击文件并“打开方式”来启动 RStudio。

如果始终通过单击 RStudio 快捷方式启动 RStudio，则 Rprofile 解决方案可以工作。在这种情况下，将默认工作目录设置为您的 Rprofile 所在的目录就足够了。单击文件以启动 RStudio 时，Rprofile 解决方案不起作用，因为这会将工作目录更改为远离默认工作目录。

score 201 · Accepted Answer

我通常会尝试将所有包保存在一个库中，但是如果您想添加一个库，为什么不将新库（必须已经存在于您的文件系统中）附加到现有库路径中呢？

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )
 # obviously this would need to be a valid file directory in your OS
 # min just happened to be on a Mac that day

或者（这将使 userLibrary 成为放置新包的第一个位置）：

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到（至少在我最初写这篇文章时）：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"

该.libPaths函数与大多数其他非图形函数有点不同。它通过副作用起作用。Sys.getenv报告和更改 R 环境变量的函数Sys.setenv已分开，但.libPaths可以报告或更改其目标。

有关 R 启动过程的信息可以在?Startup帮助页面上阅读，RStudio 材料位于： https: //support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

在您的情况下，RStudio 似乎不尊重 Rprofile.site 设置，或者可能通过从 RStudio 默认值之一读取 .Rprofile 设置来覆盖它们。还应该提到的是，此操作的结果还附加了对.Libraryand的调用的内容.Library.site，这也是为什么 RStudio-（或任何其他 IDE 或网络安装-）托管的 R 可能表现出不同行为的进一步原因。

由于Sys.getenv()返回 R 进程的当前系统环境，您可以通过以下方式查看库和其他路径：

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

对存储和访问包很重要的两个是（现在在 Linux 机器上有所不同）：

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

score 27 · Accepted Answer

我设法通过将代码放在.Rprofile默认工作目录的文件中来解决问题。

首先，我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后我使用文本编辑器编写了一个简单的.Rprofile文件，其中包含以下行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后，当我启动R并运行时，.libPaths()我得到了所需的输出：

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

score 22 · Accepted Answer

https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

编辑 ~/.Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

score 11 · Accepted Answer

我在这里找到了我认为的解决方案（感谢 SFU 的 Carl Schwarz）添加一个永久识别的个人库（您不必在每个会话中定义它）无论是使用 R 还是 Rstudio，并且 Rstudio 将其视为默认在我的 Mac 机器上。我没有看到它在 SO 上明确列出了这一点，所以我总结了他们为 Windows 和 Mac 提供的步骤。

对于 Windows 7 操作系统：

在您希望拥有个人库的驱动器上创建一个目录，例如 C:\User\Rlibs（或您有权访问的另一个目录）
在 Windows 搜索栏中搜索/转到“为您的帐户编辑环境变量”以编辑控制面板设置
单击“环境变量”窗口中间的“新建...”
在“新建用户变量”窗口中，为“变量名称”键入R_LIBS，以及您创建的个人库目录的路径，例如C:\User\Rlibs
单击确定，您应该会在用户变量窗口中看到变量/值对
再次单击确定

现在，当您启动 R（或 Rstudio）并键入命令.libPaths()时，您应该会看到您创建的个人库以及 R 系统库。

对于 Mac：

在您的“主”或“用户名”目录中创建一个名为Rlibs的文件夹
启动终端应用程序
类型：echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrion确保大小写匹配。
键入ls -a以查看目录中文件的完整列表，现在应该包括.Renvrion
验证.Renviron文件是否已正确设置：more .Renviron

启动 R/Rstudio 并输入.libPaths()，您应该会看到您的个人图书馆的新路径。

score 8 · Accepted Answer

如果您没有管理员权限，打开Rprofile.site位于\R-3.1.0\etc中的 -file并添加：

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

这会在开始时直接评估.libPath()命令

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在 Ubuntu 上，更改用户默认库路径的推荐方法是在文件中设置R_LIBS_USER变量。~/.Renviron

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

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我真的很难理解这一点。当我上次重新安装我的操作系统和 Rstudio 时，gorkypl 在上面给出了正确的解决方案，但是这一次，设置我的环境变量并没有解决。

卸载 R 和 Rstudio，创建目录 C:\R 和 C:\Rstudio 然后重新安装两者。

将 R_LIBS_USER 用户变量定义到您喜欢的目录（根据 gorkypl 的回答）并重新启动您的机器以加载用户变量。打开 Rstudio，错误应该消失了。

您还可以使用Sys.setenv()将 R_LIBS_USER 修改为您的替代库的路径，这更容易并且不需要重新启动计算机。

要查看 R_LIBS_USER 设置为： ?Sys.getenv()

读书help(Startup)有用。

score 4 · Accepted Answer

只需在没有管理员权限的目录中更改 R 库的默认文件夹，例如

.libPaths("C:/R/libs")

score 2 · Accepted Answer

如果在安装新版本的 R 或通过任何其他方式更改了默认包库，则可以在以下命令的帮助下附加两个库以使用所有包。获取现有库路径：

.libPaths()

现在，设置现有路径和旧路径：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

希望能帮助到你。

score 1 · Accepted Answer

我读了自述文件。他们提到在命令行中使用 .libPaths() 来检查存在哪些路径。我之前有 2 个库路径。当我在我想要的地方使用命令 .libpath("C:/Program Files/R/R-3.2.4revised/library") 时，它改变了库路径。当我再次在命令行输入 .libPaths() 时，它显示了正确的路径。希望这可以帮助

score 0 · Accepted Answer

由于这里的大多数答案都与 Windows 和 Mac OS 相关，（考虑到我也为此苦苦挣扎）我决定在我的Arch Linux设置上发布帮助我解决这个问题的过程。

步骤1：

对您的系统（例如ANGRYSearch）进行全局搜索以查找术语Renviron（这是设置用户库设置的配置文件）。
它应该只返回以下目录路径中的两个结果：
1. /etc/R/
2. /usr/lib/R/etc/
  注意：存储在 1 和 2（上图） 的Renviron配置文件相互热链接（这意味着当正在编辑的文件为已保存-[您还需要sudo保存文件编辑后的权限])。

第2步：

导航到第一个目录路径 ( /etc/R/) 并Renviron使用您喜欢的文本编辑器打开文件。
在Renviron文件中搜索R_LIBS_USER标记并将大括号部分中的文本更新为所需的目录路径。

示例：
...更改自（原始条目）：
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0'}
...更改为（您想要的条目）：
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Apps/R/rUserLibs'}

第 3 步：

保存Renviron您刚刚编辑的文件...完成！

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getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

用双引号复制上面的链接

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

您的默认路径将更改以安装包

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如果您想永久更改库路径（每次进入 R 时不调用 .libPath() ，这对我有用：

在您的主目录下创建 .Rprofile。(~/.Rprofile)
输入 .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) .Rprofile 文件，保存。
打开 R（任何目录）并检查，只需键入.libPaths()，即可发现您的 libaray 路径已更新！

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我正在研究这个，因为 R 在安装到默认位置时遇到问题，而只是将包放入临时文件夹。它原来是 Mcaffee Endpoint Security 的最新更新，它显然与 R 存在问题。您可以在安装软件包时禁用威胁防护，它会正常工作。

r - 在 Rprofile.site 中使用 .libPaths 更改 R 默认库路径无法正常工作

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