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当我 qsub 运行 java 程序的脚本时,我收到此错误:

线程“主”java.lang.UnsatisfiedLinkError 中的异常:/usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so:libXtst.so.6:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1778) 的 java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method) 的 java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1674) 的目录。 Runtime.load0(Runtime.java:770) 在 java.lang.System.load(System.java:1003) 在 java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method) 在 java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader. java:1778) 在 java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1695) 在 java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:823) 在 java.lang.System.loadLibrary(System.java:1028) 在sun.security.action.LoadLibraryAction。在 java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1592) 在 java.awt.Toolkit.(Toolkit.java:1614) 在 java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) 在 run(LoadLibraryAction.java:50) 在java.awt.Font.(Font.java:210) 在 savant.settings.BrowserSettings.(BrowserSettings.java:37) 在 savant.util.NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) 在 savant.data.sources.BAMDataSource .(BAMDataSource.java:62) 在 IReckon.WholeGenomeExecution.main(WholeGenomeExecution.java:208)NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) at savant.data.sources.BAMDataSource.(BAMDataSource.java:62) at IReckon.WholeGenomeExecution.main(WholeGenomeExecution.java:208)NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) at savant.data.sources.BAMDataSource.(BAMDataSource.java:62) at IReckon.WholeGenomeExecution.main(WholeGenomeExecution.java:208)

但是,当我 qrsh 进入一个节点并运行脚本时,我没有收到错误消息。

我正在像这样运行 qsub: qsub -cwd -V

也许我需要设置一些环境变量,但 -V 不会处理吗?

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1 回答 1

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libXtst.so.6该系统位于何处?

很可能,Grid Engine 使用的方式LD_LIBRARY_PATH与您手动登录时不同。看起来有点奇怪的安装。

对于 Grid Engine 的使用,我还建议避免使用 AWT。

于 2013-03-01T20:38:34.003 回答