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我真诚地感谢您在以下方面的帮助:

我正在尝试在双启动笔记本电脑(-Ubuntu 12.04 LTS,64 位和 MS Windows 7 64 位)上运行一些 python 代码(使用 Ipython,Python 版本 2.7.3)。在 Windows 中运行代码可以正常工作,但由于某种原因,我在 Ubuntu 中出现了内存错误。我不确定这是python问题还是操作系统问题。我会坚持在 MS windows 上运行代码,但这有它自己的问题,我正在努力解决,包括导入库等我在 Ubuntu 中运行代码时没有。

代码相当简单。作为参考,我有一个大型二进制文件,它代表实验室中 3 个通道的 16 位有符号数字。乐器。数据以 10 MS/s 采样。该文件约为 1.G GB,代表大约 25 秒的数据。在下面的代码中,我将数据读入“数据”,现在想使用 Matplotlib 的 specgram 函数绘制频谱图。这部分在 Windows 中运行良好,但在 Ubuntu 中运行良好。

一些代码...

import os
import sys
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.mlab as mlab
file = "data_stream.srm"
with open(file,'rb') as fd:
fd.seek(0)
data = np.fromfile(fd,dtype=[('ch0','<i2'),('ch1','<i2'),('ch2','<i2')]) 

数据内容(原始信号值)如下所示:

array([(-1, 5, -3), (-4, 3, -4), (-6, 0, -3), ..., (-1, -2, 0),
   (-2, -1, -2), (-2, -2, -1)], 
  dtype=[('ch0', '<i2'), ('ch1', '<i2'), ('ch2', '<i2')])

可能不是最好的方法,但它可以正常工作到这里(在 Ubuntu 和 Windows 上)。数据大小(使用 data.shape)给出(261144000,)。本来希望看到形状是 (261144000,3),因为这个大数字是每个通道的行数(因此是值的数量),其中有 3 个。例如键入:

len(data'ch0']) 

返回,261144000

下一个问题是使用matplotlib的specgram函数的频谱图

   specgram(x, NFFT=256, Fs=2, Fc=0, detrend=mlab.detrend_none,
    window=mlab.window_hanning, noverlap=128,
    cmap=None, xextent=None, pad_to=None, sides='default',
    scale_by_freq=None, **kwargs)

一些代码...

ADCR = 12        # ADC Resolution in bits
    VOLT = 5.0       # Voltage range
    SF = VOLT/(2**ADCR)  # scaling factor to convert raw ADC values to volts  

    w_length= 512 
    nFFT=2 * w_length
    n_overlap=np.fix(w_length/2)
    p_to = 4 *w_length
    cmap=plt.cm.seismic
    Fs = 10E6 # Sampling Frequency
    fig=plt.figure()
    ax=fig.add_subplot(111)
    Pxx, freqs, bins,im =    


plt.specgram((data['ch1'])*SF,NFFT=nFFT,Fs=Fs,noverlap=n_overlap,pad_to=p_to,cmap=cmap)

运行最后一个命令适用于 Windows,但不适用于 Ubuntu。我收到以下消息:

内存错误...“无法发布图片,因为我需要 10 个声望才能发布”

MemoryError                               Traceback (most recent call last)
/media/IomegaHDD/<ipython-input-28-5144fe0c6918> in <module>()
----> 1 Pxx, freqs, bins, im = plt.specgram((data['ch1'])*SF,NFFT=nFFT,Fs=Fs,detrend=mlab.detrend_linear,noverlap=n_overlap,pad_to=p_to,scale_by_freq=True,cmap=cmap)

/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/pyplot.pyc in specgram(x, NFFT, Fs, Fc, detrend, window, noverlap, cmap, xextent, pad_to, sides, scale_by_freq, hold, **kwargs)
   2609         ax.hold(hold)
   2610     try:
-> 2611         ret = ax.specgram(x, NFFT, Fs, Fc, detrend, window, noverlap, cmap, xextent, pad_to, sides, scale_by_freq, **kwargs)
   2612         draw_if_interactive()
   2613     finally:

/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axes.pyc in specgram(self, x, NFFT, Fs, Fc, detrend, window, noverlap, cmap, xextent, pad_to, sides, scale_by_freq, **kwargs)
   8146 
   8147         Pxx, freqs, bins = mlab.specgram(x, NFFT, Fs, detrend,
-> 8148              window, noverlap, pad_to, sides, scale_by_freq)
   8149 
   8150         Z = 10. * np.log10(Pxx)

/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/mlab.pyc in specgram(x, NFFT, Fs, detrend, window, noverlap, pad_to, sides, scale_by_freq)
    458 
    459     Pxx, freqs, t = _spectral_helper(x, x, NFFT, Fs, detrend, window,
--> 460         noverlap, pad_to, sides, scale_by_freq)
    461     Pxx = Pxx.real #Needed since helper implements generically
    462 

/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/mlab.pyc in _spectral_helper(x, y, NFFT, Fs, detrend, window, noverlap, pad_to, sides, scale_by_freq)
    256     ind = np.arange(0, len(x) - NFFT + 1, step)
    257     n = len(ind)
--> 258     Pxy = np.zeros((numFreqs, n), np.complex_)
    259 
    260     # do the ffts of the slices


MemoryError: 

正如我所说,也许这是一个我不知道的 Ubuntu 问题,因为我在 Windows 中运行代码时没有遇到这个问题。然而,这与代码的其他后续部分有其自身的问题。

您的帮助将不胜感激。

谢谢你。

问候,

将要。

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1 回答 1

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您确定您正在运行 32 位 Ubuntu 发行版吗?您还必须运行 64 位版本的 python。

如果这是问题所在,则归结为 32 位操作系统(和程序)无法处理 64 位系统可以处理的大内存块。

要判断您是否有 64 位 Linux,请运行(在 Ubuntu 中)

$ uname -a

并寻找

  • x86_64 GNU/Linux-- 64位
  • ia64 GNU/Linux -- 64位
  • i386 GNU/Linux -- 32 位

要查看您是否有 32 位 python 可执行文件,请查看

$ file -L `which python`

并注意 64s 或 32s。

于 2013-02-28T17:24:05.173 回答