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我在我的 Mac OS X 上安装袖扣，下面是说明：

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

在安装 SAM 工具下，我按照以下说明进行操作

  1. 下载 SAM 工具
  2. 将 SAM 工具 tarball 和 cd 解压到 SAM 工具源目录。
  3. 通过在命令行键入 make 来构建 SAM 工具。
  4. 选择您希望将 SAM 工具二进制文件、包含的库 libbam.a 和库头文件复制到其中的目录。一个常见的选择是 /usr/local/。
  5. 将 libbam.a 复制到您在上面选择的文件夹中的 lib/ 目录（例如 /usr/local/lib/）
  6. 在 include/ 目录中创建一个名为“bam”的目录（例如 /usr/local/include/bam）
  7. 将标头（以 .h 结尾的文件）复制到您在上面创建的 include/bam 目录（例如 /usr/local/include/bam）
  8. 将 samtools 二进制文件复制到 PATH 中的某个目录。

我已经完成了前 7 个步骤，但我不确定如何继续最后一步（#8）：我应该使用命令：

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/

或进入其他目录？步骤 8中的PATH表示什么？谢谢！

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1 回答 1

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为了回答您的问题，我将介绍一些有助于我理解二进制文件及其位置的基本 linux 知识。

在 linux 中，您可以通过输入二进制文件的完整路径来运行二进制文件，然后二进制文件就会运行。例如，如果我有一个名为fooin的二进制文件/usr/local/bin，我将运行该命令/usr/local/bin/foo并运行该foo二进制文件。

PATH 的目的是一种快捷方式，因此您无需输入二进制文件的完整路径，只需输入二进制文件的名称即可。PATH 是一个变量，其中包含您希望应用快捷方式的二进制文件的所有目录。因此，参考前面的示例，如果/usr/local/bin在我的 PATH 变量中，那么我可以运行foo.

因此，要回答您的问题，您可以通过运行命令来判断 PATH 中的哪些目录，echo $PATH以及如果其中一个目录是您的 samtools 二进制文件所在的位置，那您很好！如果没有，您可以将您的 samtools 二进制文件移动到这些目录之一，这样您就不必在每次运行二进制文件时都输入完整路径。

于 2013-03-20T19:48:09.813 回答