r - 如何在 R 中执行 rowttest？

Question

我有一个包含 4 列和 679 行的数据框，我需要使用genefilter 包中的da 函数rowttest 执行测试。想要列出前两列和另外两列。

A_R1   A_R2   B_R1    B_R2  
1       2       7      7
4       5       8      7.5
5       5       9      NA
6       5       10     NA
...

我使用了这段代码，但我不确定“fac”是什么意思。我以为是行数。

#t.test is the dataframe used
ttest2=na.omit(ttest)
rowttests(as.matrix(ttest2),fac=679,tstatOnly = FALSE)

我有这个错误：

Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘rowttests’ for signature ‘"matrix", "numeric"’

或者

Error in rowcoltt(x, factor(integer(ncol(x))), tstatOnly, 1L) : 
  Invalid argument 'x': must be a real matrix.

有人可以帮助我吗？

Answer 1

第二个参数是表示执行 t 检验的（列）组的因素。

> m=matrix(runif(80), 20)
> rowttests(m, factor(c("M", "M", "F", "F")))
      statistic           dm     p.value
1    1.15567467  0.297622456 0.367224496
2    0.81334422  0.328723537 0.501449912
....

Answer 2

数据不能是整数矩阵！！！

前

# x 是这里的 INTEGERS 的 data.frame ...

x <- read.table("HFLF.txt", header=TRUE, row.names=1)
g <- c("HF","HF","LF","LF")   
results<- rowttests(x, factor(g))

（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法为签名'“data.frame”，“因子”'找到函数'rowttests'的继承方法</p>

# 尝试将 x 从数据帧转换为矩阵 ...

x <- as.matrix(read.table("HFLF.txt", header=TRUE, row.names=1))
g <- c("HF","HF","LF","LF")
results<- rowttests(x, factor(g))

rowcoltt(x, fac, tstatOnly, 1L) 中的错误：无效参数“x”：必须是实数矩阵。

后

# x 在这里是实数的数据帧（带小数位）...

x <- read.table("HFLF.txt", header=TRUE, row.names=1)
g <- c("HF","HF","LF","LF")
results<- rowttests(x, factor(g))

（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法为签名'“data.frame”，“因子”'找到函数'rowttests'的继承方法</p>

# 尝试将 x 从数据帧转换为矩阵 ...

results<- rowttests(as.matrix(x), factor(g))
head(results)   

我从“Joran”在这里发布的内容中弄清楚了： http ://w3facility.org/question/conversion-of-data-frame-to-matrix-error/

Answer 3

看？rowtests

rowttests(x, fac, tstatOnly = FALSE) x 数字矩阵 和 fac 编码要测试的分组的因子

在这里，您给出一个矩阵和一个数字，您必须将数字强制转换为一个因子。所以改变

rowttests(as.matrix(ttest2),fac=679,tstatOnly = FALSE)

至

rowttests(as.matrix(ttest2),fac=factor(679),tstatOnly = FALSE)