答案在某种程度上取决于用户关注的重要性以及他们采取行动的重要性？例如，“你的服务器刚刚崩溃”类型的警报还是“你有来自塞尔达阿姨的新电子邮件”类型的警报？
对于第一种，最好的东西是突兀的 - 要么您选择浮动窗口，要么可能将页面背景更改为华丽的颜色（并闪烁？？？请不要打我！）。我看到的另一种吸引注意力的好方法是将页面（以及浏览器窗口）标题更改为一组闪烁的“* * * * * *” - 这有时足以引起注意。
对于不太显眼的不太重要的东西，SO 的顶部通知栏是从可用性的角度来看最好的解决方案之一（如果不是最好的），按照主要指标（用户需要做多少工作）处理这个问题并查看它，以及它的行为有多直观）：
用户的眼睛比其他地方更频繁、更有可能移动到屏幕顶部
一旦你注意到它就很容易摆脱它 - 条很宽（很容易用鼠标点击，不需要水平调整）并且在最顶部（不需要太多精细的鼠标工作来获得指针）。
恕我直言，烦恼级别应该反映错误级别......对于错误，带有错误消息的层，防止用户做任何其他事情应该更好。对于通知，出现在页面顶部的框（例如要求您保存密码的浏览器）很好。
所以我认为没有更好的解决方案......它只取决于警报的类型...... :)
如果您正在寻找资源，我建议Steve Krug 的Don't Make Me Think。他的网站Advanced Common Sense也是一个很好的来源。
另一个关于可用性提示和指南的好网站是 Jakob Nielsen 的useit.com
前几天我在一个有产品下载按钮的站点。我点了一下，好像什么都没发生。我再次单击它，第一个按钮创建的下载链接让我有些震惊。非常有效，它得到了笑声：
我的系统有三种类型的通知。每种类型的通知都带有边框和背景颜色：
警报，例如“您没有正确填写该字段！” 是内联处理的，所以没有弹出窗口会激怒用户。
我将我的系统设计为在几秒钟后淡出通知 - 这意味着用户习惯于看到几秒钟后淡出的绿色框。但是，当出现错误或警告时，该框会停留在用户面前的屏幕上，需要引起注意。
我相信只有在绝对必要时才应该使用警告和错误——这样，当它们被使用时，它们会保持相当大的影响。在我的系统中，警告和错误不会淡出——它们会留在那里提醒你有些事情不完全正确。
根据我的经验，如果您要与用户交互，请将其放大并在他们的面前，但不要太大，以免妨碍页面的其余部分。所以没有提示或灯箱样式覆盖（在我看来）。
我发现 jQuery UI highlight() 效果函数非常适合不显眼地提醒用户发生了一些变化；然而，正如其他人所说，这取决于信息的重要性——有时你只需要突兀！