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我正在运行一个具有几个嵌套循环的 MatLab 脚本，并被告知要预先分配我的一些向量和数组。

我已经能够找到如何为单元格或双精度数执行此操作，但是很难找到如何为其他数据类型预分配数组。

具体来说，我正在使用包含 SimBiology 对象的向量和数组。

所以我们有：

  • allModels 作为 100 个 SimBiology 模型的向量

  • resultsData 作为 SimData 的向量

  • allResults 作为 amxn SimData 矩阵

我认为所有这些都可以从预分配中受益——目前，当我运行脚本时，我看到我的内存使用量急剧增加，这可能是由于重新分配和内存碎片，以及释放的内存没有被有效地清理/返回给操作系统。

我对matlab很陌生，所以如果答案很明显，或者我没有提供足够的信息，我深表歉意......感谢您的帮助！

干杯

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我稍后会给您一些预分配技巧，但我首先要指出，您的内存使用更有可能是由于 SimBiology 模型在您退出 MATLAB 之前一直保留在内存中。SimBiology 模型在以下几个重要方面表现与细胞或双胞胎完全不同：

  1. SimBiology 模型是“处理对象”而不是“值对象”。您可以在 MATLAB 文档中阅读有关句柄和值对象的更多信息，但这里的关键点是多个变量可以同时引用同一个内存中 SimBiology 模型。
  2. SimBiology 模型会一直保留在内存中，直到被明确删除。您始终可以使用函数sbioroot访问所有内存中的 SimBiology 模型。要从内存中删除 SimBiology 模型，您必须调用该delete方法，例如delete(modelObj). 如果您想一次删除所有SimBiology 模型，您可以调用该函数sbioreset（但请谨慎使用此函数！）。

现在，进行预分配。“反向 for 循环”是一种可以预先分配任何数据类型的方法（无需为每种数据类型学习特定函数）。这个想法是利用 MATLAB 的自动数组分配，以一种最初分配最大大小的数组的方式。这是一个愚蠢的例子，它制作了 2 的前 5 个幂的向量：

for ind = 5:-1:1
  squares(ind) = ind^2;
end

我说这是一个愚蠢的例子，因为它最好在 MATLAB 中实现为(1:5)^2. 尽管如此，我希望它能够理解使用反向 for 循环进行分配的想法。

对于您使用 SimBiology 的特殊情况，您需要结合显式删除 SimBiology 模型和反向 for 循环。您的代码可能如下所示：

% Note the reverse for loop below
for modelIndex = 100:-1:1
  % First, load the model
  % Option 1: Load your models from a list of SBML files stored in sbmlFileNames
  allModels(modelIndex) = sbmlimport(sbmlFileNames{modelIndex})
  % Option 2: Load your models from a list of sbproj files stored in projFileNames
  loadedProject = sbioloadproject(projFileNames{modelIndex});
  allModels(modelIndex) = loadedProject.m1;
  % Option 3: Explicitly create your model
  allModels(modelIndex) = sbiomodel(['Model ' num2str(modelIndex)]);
  % Of course, you'll need to customize each model somehow

  % Store a "baseline" simulation of each in resultsData
  resultsData(modelIndex) = sbiosimulate(allModels(modelIndex));

  % Now create the matrix of SimData
  % Note the reverse for loop below
  for variantIndex = 20:-1:1
    % Setup for the modified simulation.
    % One option: Use some previously defined variant objects stored in variantList
    allResults(modelIndex, variantIndex) = ...
      sbiosimulate(allModels(modelIndex), variantList(variantIndex));
  end
end

% Once you are done, delete SimBiology models to free memory
delete(allModels)

如果您还有其他问题，请随时联系 MathWorks 技术支持。（我是 SimBiology 的开发人员之一，我总是很高兴有机会听到我们的用户在做什么，并找到让他们的生活更轻松的方法。）

-亚瑟

于 2013-02-24T15:11:17.920 回答