r - knitr 编译 RStudio 的问题（windows）

Question

我有一个基于 knitr 的 Rnw 文件，该文件在 Mac（v0.97.316）和 knitr（v1.1）上的 RStudio 中完美地编译为 pdf，但在 Windows 环境（相同版本）中我得到一个编译错误。我已经在两种环境中检查了 RStudio 中的选项，它们是一致的。

即使我在 Rnw 文件中没有这样的标志，和/或如果我切换首选项中的设置，Windows 设置似乎总是将：“\SweaveOpts{concordance=TRUE}”注入“.tex”文件，和/或如果我将“opts_knit$set(concordance=FALSE)”选项添加到 knitr 设置块。如果我从“.tex”文件中删除该行并在 cmd 提示符下手动编译它，则会按预期生成输出。

我不确定这是否是 RStudio 或 knitr 问题，但任何指针将不胜感激。

请注意，我还在 RStudio 支持板上发布了这个问题（http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/5039-knitr-compile-problems-with-rstudio-windows?unresolve=true）。

Answer 1

它注入的原因\SweaveOpts{concordance=TRUE}很可能是您的编织者而Sweave不是knitr，并且您还启用了 Rnw 索引：http ://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/rnw_weave但我不能确定它不是Windows 版本的 RStudio 的错误。无论如何，很容易验证它是否是 RStudio 问题——打开Compile PDF面板，您应该会看到如下日志：

如果你的编织器是 Sweave，你会看到类似这样的东西：

这是我的配置（我在 Ubuntu 下）：

如果您knitr确实在使用，并且 RStudio 仍然插入\SweaveOpts{concordance=TRUE}，我想这一定是 RStudio 的一个错误。

Answer 2

我在 2016 年 4 月 24 日下载“R CMD build KFAS-master”作为“KFAS-master.zip”时遇到了这个问题，点击 GitHub 上 KFAS 的“下载 ZIP”（https://github.com/helske/KFAS）。我无法重现该问题，但我使用的解决方法是找到弹出窗口中提到的行（复制如下），并在其前面加上“%%”将其注释掉。

下载后，我解压缩并将文件夹名称更改为“KFAS”。然后我得到一个命令提示符并导航到包含重命名为 KFAS 的 KFAS-master 文件夹的目录。这次“R CMD build KFAS”按预期工作。然后我在 RStudio 0.99.893 中打开 ~KFAS/vignettes/KFAS.Rmw，当前版本为 2016-04-26。我改变了一些东西并保存了结果。当我重复“R CMD build KFAS”时，我得到了下图所示的问题。

Jouni Helske 将我带到了这篇文章。我通过在“\SweaveOpts{concordance=TRUE}”前面加上“%%”来注释掉下面屏幕截图中提到的第 69 行。我保存了结果，“R CMD build KFAS”工作了。

有些东西似乎偶尔会在 *.Rnw 文件中插入像 "\SweaveOpts{concordance=TRUE}" 这样的行，但我不知道它是什么。我在装有 OS X 10.11.2 的 MacBook Pro 上运行 R 3.2.4。

感谢 Yihui 和其他人在此线程中的早期帖子。

屏幕截图显示弹出窗口抱怨，“看来您正在使用第 69 行中的 Sweave 特定语法...。”

Answer 3

I had the same problem even when knitr was set for "Weave Rnw files using" by default.

I solved it by going to Tools/Global Options/Sweave and setting "Weave Rnw files using" to Sweave and pressing Ok. Then, I went back and set it back to knitr, and everything works fine now.

I guess it was indeed Rstudio bug