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C 新手，但我正在尝试编写此链接列表程序，但我不断收到分段错误：11. 我认为我已经将其缩小到仅在链接列表创建中的问题 - 我将其标记为问题区。当我将此部分注释掉时，不会发生段错误。

我一直在讨论纸上发生的事情，但我不明白为什么它不起作用。也许我只是误解了指针或 malloc 的使用，因为我没有经验。

该程序应使用的示例文本文件：

>984932:39284 mus musculus okodvcxvmkw2e2p \n
ATCTCAATCGCACTATCTAGCATGTCGTATGCTTGCATGTCGTAGTCGT\n
ATGCTATGCTTACTCTATTTACGGCGCATCGTGATCGTAGGAGCGAGCT\n

>984932:39284 mus huumoros okodvcxvmkw2e2p \n
ATCTCAATCGCACTATCTAGCATGTCGTATGCTTGCATGTCGTAGTCGT\n
ATGCTATGCTTACTCTATTTACGGCGCATCGTGATCGTAGGAGCGAGCT\n

>984932:39284 mus pisces okodvcxvmkw2e2p \n
ATCTCAATCGCACTATCTAGCATGTCGTATGCTTGCATGTCGTAGTCGT\n
ATGCTATGCTTACTCTATTTACGGCGCATCGTGATCGTAGGAGCGAGCT\n

我正在尝试做的事情：创建一个链表，其中每个节点都是上面文本的一个块。也就是说，每个节点都包含以'>'开头的头部，以及作为所有ACTG的序列数据。在上面的示例文本文件中，除了列表中的头/尾节点之外，还有 3 个节点。

我是如何尝试的（问题部分）： Char 被扫描。如果 char 是 '>'，那么我们知道我们在头部，并且我们将所有后续字符读入新节点的头部字段，直到我们到达换行符。此时，我们知道我们将读取序列数据。继续这样做，直到我们到达另一个“>”，当我们这样做时，重复。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

int list_header_size = 200;
int list_data_size = 2000;

struct list{
    char *header;
    char *data;
    struct list *next;
    struct list *prev;
};

//append char onto a string
void append(char *s, char c){
    int len = strlen(s);
    s[len] = c;
    s[len + 1] = '\0';
}

int create_list(char *filename){

    FILE *fp = fopen(filename, "r");

    if(fp == NULL){
        printf("File could not be opened. Exiting..");
        exit(1);
    }

    //setup head - doesn't hold a char
    struct list *head = malloc(sizeof(struct list));
    head->next = NULL;
    head->header = NULL;
    head->data = NULL;
    head->prev = NULL;

    //setup tail - doesn't hold a char
    struct list *tail = malloc(sizeof(struct list));
    tail->next = NULL;
    tail->header = NULL;
    tail->data = NULL;
    tail->prev = NULL;

    /***scan the .fasta file, populate list***/

    //char holder
    char c;
    int list_size = 0;
    int i = 1;

    //pull single char from file until end of file is reached
    do{

        c = getc(fp);

        //******PROBLEM IS IN THIS SECTION********//

        //if header text is found
        if(c == '>'){

            //create a node
            struct list *temp = malloc(sizeof(struct list));

            //first case to setup head
            if(i == 1){
                head->next = temp;
                temp->prev = head;
                i = 0;
            }

            tail->next = temp;
            tail->prev = temp;

            //create space for header/sequence data in the new node
            temp->header = (char*) malloc(sizeof(list_header_size));
            temp->data = (char*) malloc(sizeof(list_sequence_size));

            //add current char to header
            append(temp->header, c);

            c = getc(fp);

            //put file's header data into node's header data
            while(c != '\n'){
                append(temp->header, c);

                c = getc(fp);
            }

            //put file's sequence data into node's sequence data
            while(c != '>' && c != EOF){
                append(temp->data, c);
            }
        }

        //*******END OF PROBLEM SECTION********//

    }while(c != EOF);

    /***end of scanning .fasta file and creating linked list***/

    return 1;
}

int main(int argc, char * argv[]){

    char *filename = (char*) malloc(80);

    //check options
    int i;
    for(i = 1; i < argc; i++){

        if(argv[i][0] == '-'){

            switch(argv[i][1]){     
                default:;
            }

        }else{
            //arg is filename
            filename = argv[i];
        }

    }

    create_list(filename);

    return 1;
}
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2 回答 2

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最直接的事情是这样的：

  //create space for header/sequence data in the new node
  temp->header = (char*) malloc(sizeof(list_header_size));
  temp->data = (char*) malloc(sizeof(list_sequence_size));

我认为应该是这样的：

  //create space for header/sequence data in the new node
  temp->header = malloc(list_header_size);
  temp->data = malloc(list_sequence_size);

如果你是 C 的超级新手，这里可能还有其他东西，但是 malloc 和它们的大小总是我检查的第一件事，而这个是不对的。

编辑另一个问题：

您的缓冲区现在已分配，但您的 append() 函数希望它们从一开始就为零终止。他们不是。添加这个：

  temp->header = malloc(list_header_size);
  temp->data = malloc(list_sequence_size);
  temp->header[0] = temp->data[0] = 0; // <=== this

老实说，由于这些大小是固定的，我宁愿您像这样声明实际的节点结构：

struct list{
    char header[200];
    char data[2000];
    struct list *next;
    struct list *prev;
};

并完全避免所有额外的分配，只分配节点而不是它们的字段。如果字段大小变得动态，则需要更改，但在那之前，请保持简单。

于 2013-02-22T16:32:37.100 回答
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我会看看你的append(...)函数，以及你输入它的数据。您对该函数的第一次调用是

append(temp->header, c);

并且temp->header不保证归零。它可以指向任何东西，尽管大多数编译器会将它归零（或尝试这样做）。使用calloc而不是malloc.

于 2013-02-22T16:42:14.240 回答