r - 如何在 makeCluster 中指定并行或雪中的选项

Question

我在 Windows 上使用parallelor包，该函数可以带一个参数来指定它在工作人员上执行的位置。如果我希望它被执行为什么选项？snowmakeClusterrscriptRscript--vanilla

编辑：运行makeCluster(2, rscript='pathToMyRScript --vanilla')不适用于我的盒子

Answer 1

我不相信这些软件包提供了一种简单、直接的方法。我将创建一个包装器并使用“rscript”选项指定该包装器的完整路径。理论上这很容易，但实际上在编写包装器时必须小心，以避免由于重新解析参数而导致错误，以防它们包含空格。例如，我怀疑以下 BAT 脚本会出现问题：

"C:\Program Files\R\R-2.15.2\bin\Rscript" --vanilla %*

我可能会使用使用 subprocess 模块的 Python 脚本，但有很多可能性可供选择，您可能有自己喜欢的。

更新

从 R 版本 3.1.2 开始，该rscript_args选项被添加到makeCluster函数中。您可以使用此选项来指定--vanilla选项：

makeCluster(2, rscript_args="--vanilla")

Answer 2

我认为您最好的选择是将其作为功能请求提交给包作者，或者深入研究函数定义并定义您自己的调用以尝试使用名为 as 的 Rscript 生成 PSOCK 节点--vanilla。查看parallel:::newPSOCKnode并检查它如何定义对Rscript. 感兴趣的线路是：

rscript <- if (getClusterOption("homogeneous", options)) {
    shQuote(getClusterOption("rscript", options))
}
else "Rscript"
cmd <- paste(rscript, "-e", shQuote(arg), env)

如果您可以修改要调用的函数Rscript --vanilla，它可能会正常工作。我很惊讶写作rscript=<rscript_path> --vanilla不起作用。

Answer 3

从An Introduction to RR 手册页的 B.4 节：

If you just want to run a file foo.R of R commands, the recommended way is to use R CMD BATCH foo.R. If you want to run this in the background or as a batch job use OS-specific facilities to do so: for example in most shells on Unix-alike OSes R CMD BATCH foo.R & runs a background job.

所以在你的情况下，所有命令都必须进入脚本，然后你想要

R --vanilla CMD BATCH your_script.R

从命令行，而不是 GUI。