bash - 如何在 bash 脚本中对多个文件进行排序和使用？

Question

我有多对仅在一个数字上不同的文件：

121_S11_L001_R1_001

121_S11_L001_R2_001

另一对相对于其他文件，在多个数字上不同，但相对于它的对，同样只有一个数字：

120_S10_L001_R1_001

120_S10_L001_R2_001

我有一个 bash 脚本来单独处理这些文件：

如果 [ -s $infile ] && [ ！-s $infile.bwa ]; 然后

echo "Creating BWA file..."
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile > $infile.bwa
time bwa aln $path"Genomeidx" $infile2 > $infile2.bwa

其中 'infile' 和 'infile2' 是在命令行上指定的文件

我如何递归地选择和处理每对的每个文件，而不是手动输入每一对？

Answer 1

您可以使用 bash 通配符来挑选所有_R1_样式文件，然后找到它的对。

像这样的东西可以适应你的处理：

#!/bin/bash

for file in *_R1_*; do
    pair=${file/_R1_/_R2_}
    if [ -f "$pair" ]; then
        echo "processing $file and its pair $pair"
    fi
done