r - 读取目录中的所有文件并对每个数据框应用多个函数

Question

我需要将 R 中的一组命令应用于.txt目录中的所有单个文件（大约 300 个）。

我对 R 不是很熟悉，所以我在网上看到的关于循环的所有帮助都令人困惑，或者当您需要对每个文件应用多个命令时，我无法弄清楚如何应用循环。

我需要应用于目录中每个文件（系统发育树）的命令是（使用 R 的猿库）：

testtree <- read.tree("tree123.txt")
unrooted_tr <- unroot(testtree)
write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")

如何应用一个循环，将这些命令应用于每个单独的 .txt 文件（使用 R 或在 Unix 命令行中）？输出（例如 unrootedtree123.txt）需要为每个单独的文件具有不同的名称。

在此先感谢，丹妮。

Answer 1

您可以获取所有文件，然后循环使用lapply并应用您想要应用的任何功能，如下所示：

files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(x) {
    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file
    # apply function
    out <- function(t)
    # write to file
    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
})