python - 读取 SDF（化学）文件的 Python 程序

Question

我想读取sdf文件（包含许多分子）并返回分子的加权邻接矩阵。原子应被视为顶点，而键应被视为边。如果i和j顶点通过单键、双键或三键连接，则邻接矩阵中的对应条目应分别为 1、2 和 3。我需要进一步获取每个顶点的距离向量，其中列出了不同距离的顶点数。

有没有可用的python包来做到这一点？

Answer 1

我会推荐Pybel在 Python 中读取和操作 SDF 文件。要获取绑定信息，您可能还需要使用功能更全面但 Pythonic 更少的openbabel 模块，它可以与 Pybel 一起使用（如 pybel.ob）。

首先，您将编写如下内容：

import pybel

for mol in pybel.readfile('sdf', 'many_molecules.sdf'):
  for atom in mol:
    coords = atom.coords
    for neighbor in pybel.ob.OBAtomAtomIter(atom.OBAtom):
      neighbor_coords = pybel.atom(neighbor).coords

Answer 2

看

http://code.google.com/p/cinfony/

但是，对于您的确切问题，您需要查阅文档。