r - 如何在 Sweave 文档中包含 R stderr 输出

Question

我正在研究 R 包小插曲，在许多情况下，我想在文档中包含错误输出作为用户示例。

所以 Sweave 代码块

<<throws_error>>=
 stop('hello')
@

理想情况下会产生一个文件

stop('hello')
Error: hello

我的真实示例是一个相当长的运行过程，我想捕获警告和消息以及错误的输出。

我弄乱了各种 Sweave 代码块包括参数。我想出的唯一解决方案是有一个隐藏的代码块来打印错误文本cat()——这违背了使用 Sweave 的目的。似乎该函数可能有一个解决方案可以sink()以某种方式重定向stderr，但也无法弄清楚。有什么建议么？

Answer 1

您是否使用Sweave或knitr生成您的 LaTeX 和 pdf 文件？

默认情况下，knitr在 RStudio 下，生成的文档几乎正是您想要得到的。

在 Sweave 下，您可以使用以下解决方法，取自R-help 上的此消息：

%outputs the R code but does not execute it. So no error
<<echo=TRUE, eval=FALSE>>=
 stop('hello')
@

% executes the code but displays only the error
<<echo=FALSE, eval=TRUE>>=
cat(try(stop('hello')))
@