python - 在 Windows 7 上安装 rpy2

Question

我正在尝试在我的计算机上安装 rpy2，但我无法做到。

我下载了源包，并尝试使用命令安装 Rpy2 (rpy2-2.3.2) python setup.py install。这是结果：

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

我也尝试过成功build install和easy_install失败。我有 R 2.15.2、Python 2.7.2 和 Windows 7（32 位）。

我究竟做错了什么？

PS.如果我粘贴该命令，结果是：

cygwin警告：

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

-LC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386 -lR

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好的。根据以前的经验，我发现关于如何在 Windows 上安装 rpy2 的说明并不多。我知道它没有得到官方支持，但实际上并不难。在几个步骤中，我将展示我所做的事情，也许其他人可以效仿。

这些指令很可能仅适用于 Python 2.7+ 和 R 3.2+，但可能适用于 R 3.0+。我正在将我使用过的路径放在我的系统上。确保相应地修改路径：

首先，在尝试这些步骤之前，确保所有以前的 rpy2 安装都是 UNINSTALLED （并且在安装之前显然有 R 3.2+）。

从这里下载 r2py 的 .whl 文件
pip install [put .whl filename here]使用（在命令行中）从下载文件的目录安装 .whl 文件
添加类似于C:\Program Files\R\R-3.2.0\binPATH 环境变量的路径
创建一个R_HOME系统变量，其值类似于：C:\Program Files\R\R-3.2.0
使用您的用户名创建R_USER系统变量
创建一个R_LIBS_USER系统变量，其中包含安装/将安装外部 R 包的文件夹的路径。

而已。打开命令提示符并输入命令R。这应该会启动一个 R 会话并显示版本信息。

现在打开 python 并运行这一行，看看事情是否成功：

import rpy2.robjects as robjects

希望这会有所帮助。

score 15 · Accepted Answer

我刚刚使用来自http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2的二进制安装程序在 Windows 8.1 64bit 上成功安装了 rpy2 。通常只下载一个二进制文件而不是尝试在 Windows 中编译一个包要容易得多。

此外，您应该在安装 rpy2 二进制文件之前设置R_HOME环境变量（在我的情况下为 to ）。C:\Program Files\R\R-3.1.1否则，RuntimeError: R_HOME not defined.当您尝试导入 rpy2 时会出错。（感谢 rpy2 的R_HOME 错误）

最后，如果你想在 IPython 中使用它，请确保使用%load_ext rpy2.ipython而不是。%load_ext rmagic它是rpy2 版本 2.4.0中的新功能之一。

（感谢IPython notebook 和 rmagic/rpy2: cannot find module ri2py (OSX 10.8.5, python 2.7, R 3.1)）

score 7 · Accepted Answer

我通常也没有成功让 Rpy2 在 Windows 上工作。经过几个小时从预编译的二进制文件2.3.4.win-amd64-py2.7中修改 R2.15 和 Rpy2 后，我遵循了这个问题，并安装了pyper。在获得支持之前，这可能对您有用。我很想在 Windows 和 IPython notebook (%load_ext rmagic) 上看到 Rpy2，但我不能再花时间在它上面了。

score 3 · Accepted Answer

按照上面的答案，这对我有用

系统：Win 7-64，Python 3.6，

1.安装你需要的R和包

2.设置`R_HOME`和`R_USER`,作为环境变量

R_HOME = D:\Program Files\R\R-3.4.1
R_USER = Administrator

用户名可以echo %username%在cmd中获取

3.下载`rpy2`安装

从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/下载 rpy2

检查它的路径，并将其安装在 cmd 中，如pip install rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_amd64.whl

4.创建一个笔记本，看看它是否有效

import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')

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编辑最后我设法让它工作！！！见下文：

我一直在努力让这个工作，但仍然没有完全弄清楚。我发现错误是

'sh' 不是内部或外部命令、可运行程序或批处理文件

是由于缺少 mingw 和 Rtools（以及其他类似 unix 的帮助程序）造成的。( http://sourceforge.net/p/rpy/mailman/message/26549197/ )

我通过安装 Rtools（http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/）和 mingw（http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/）通过了这个阶段（但是自从sourceforge.net 上的 mingw-w64 项目正在迁移到 mingw-w64.org，我建议使用mingw-w64.org）

我通过了 R.exe CMD config --ldflags 错误但被卡住了

TypeError：“NoneType”类型的对象没有 len()

错误。我还在寻找解决方案！！

希望这在某些时候对某人有所帮助。

更新：所以似乎有几个与安装相关的问题。setup.py 无法找到正确的 R 版本并且编译器有问题。

所以，进行的方式：

从https://pypi.python.org/pypi/rpy2下载源代码。
更新您的环境变量 - 在用户变量中
- PATH ：将路径附加到您的 R 安装，例如 ;C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64
- R_HOME ：一个新变量，其路径为 R: C:\Program Files\R\R-3.0.2
- R_USER : 用户用户名，例如 john
安装 Rtools ( http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ ) 和 mingw ( http://mingw-w64.org )
前123行左右

return self._version 我添加了 self._version = [3, 0] 以强制版本为 3.0（可能有人可以更好地解决这个问题）
在 python27/lib/distutils 或在我的情况下 C:\Users(user_name)\AppData\Local\Continuum\Anaconda\Lib\distutils 注释行 227 中的文件 unixccompiler.py

编译器 = os.path.basename(sysconfig.get_config_var("CC")) 与 # (#compiler = os.path.basename(sysconfig.get_config_var("CC")))

并添加行

编译器 = 'gcc'

其他一些事情 - 使用命令提示符 cmd 进行安装。利用

python setup.py 构建安装

安装 Rtools 和 mingw 接受所有默认值。在 Rtools 中选择

额外构建 64 位 R

和

编辑系统路径

而已！！让它工作..

希望这可以帮助！！

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在 Anaconda 上，您可以使用以下方式安装：

conda install --channel https://conda.anaconda.org/Richarizardd rpy2

或者，可以尝试：

conda install -c r rpy2

也可以参考：

https://github.com/conda-forge/rpy2-feedstock

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安装脚本setup.py告诉运行时遇到问题

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

打开终端，粘贴该命令，检查错误是什么。

当您使用输出编辑问题时，问题似乎是在从python setup.py install空字符串运行该命令作为子进程时返回，而从终端运行命令时有输出。我还从涉及 cygwin 的终端的输出中读取。可能这是问题吗？

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我不确定是否有人仍在关注讨论，但无论如何，我试图让 rpy2 工作的目的是为了能够让它在我的 Ipython 笔记本中工作。如果其他人也想这样做，我建议使用 IRkernel，它可以像蛋糕一样顺利安装（制作精良的蛋糕）。这是完成它的资源。我用过它，它就像一个魅力。

基本上你需要运行的是：

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

IRkernel::installspec()

如果您发现任何问题，这里是资源：

https://github.com/IRkernel/IRkernel

http://blog.revolutionanalytics.com/2015/09/using-r-with-jupyter-notebooks.html

http://www.michaelpacer.com/maths/r-kernel-for-ipython-notebook

高温高压

score 0 · Accepted Answer

查看我为这个问题制作的这个安装文档。https://www.academia.edu/12178754/rpy2Install

它是特定于 ArcGIS 设置的目录，但可以快速移植

python - 在 Windows 7 上安装 rpy2

9 回答 9

1.安装你需要的R和包

2.设置R_HOME和R_USER,作为环境变量

3.下载rpy2安装

4.创建一个笔记本，看看它是否有效

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Reference

2.设置`R_HOME`和`R_USER`,作为环境变量

3.下载`rpy2`安装