我一直在 R 中使用 SAM(微阵列的显着性分析),当我的程序运行时,它在使用 sam 指令执行操作时停止。显示的消息是:
Cluster size 12488 broken into 6032 6456
Cluster size 6032 broken into 2628 3404
Cluster size 2628 broken into 1051 1577
在某些数据集中出现了这些消息,但处理继续进行,完全没有问题;而在其他人中,程序挂起。R 不显示任何消息,但显示集群损坏消息的是 Rstudio。
我正在使用的 sam 指令类似于:
samfit <- SAM(t, numbas, resp.type="Two class unpaired",
nperms=100,
testStatistic=c("standard"),
knn.neighbor=10,
random.seed=1234567,
logged2=TRUE,
genenames=rownames(t))
在没有使用 sam for R 之前,是否有人遇到过这个错误?我在 google 上进行了搜索,但我没有找到任何关于它的信息
谢谢