python - 以自动化方式获取蛋白质单体

Question

对于来自 PDB 数据库的一组给定的 pdb 格式的蛋白质结构，我想找到一些自动化的方法来检查每个结构是否是单体、二聚体、三聚体等，所以我只得到每种情况下的单元结构或单体。我头关于 biopython，但我不确定并想知道是否还有其他方法可以解决这个问题。

Answer 1

看起来第一步是访问 PDB 数据库。我不熟悉 biopython，但从文档看来，它只内置了以下数据库连接器：

• ExPASy
• SCOP
• 来自 NCBI 的 Entrez（和 Pubmed）

您知道如何连接到 PDB 数据库吗？