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我想绘制一个简化的热图，使用我正在使用的标量矢量图形程序（inkscape）进行编辑并不难。下面生成的原始热图包含许多矩形，我想知道它们是否可以在不同的扇区中合并在一起以简化输出 pdf 文件：

nentries=100000
ci=rainbow(nentries)
set.seed=1
mean=10
## Generate some data (4 factors)
i = data.frame(
  a=round(abs(rnorm(nentries,mean-2))),
  b=round(abs(rnorm(nentries,mean-1))),
  c=round(abs(rnorm(nentries,mean+1))),
  d=round(abs(rnorm(nentries,mean+2)))
  )
minvalue = 10
# Discretise values to 1 or 0
m0 = matrix(as.numeric(i>minvalue),nrow=nrow(i))
# Remove rows with all zeros
m = m0[rowSums(m0)>0,]
# Reorder with 1,1,1,1 on top
ms =m[order(as.vector(m %*% matrix(2^((ncol(m)-1):0),ncol=1)), decreasing=TRUE),]
rowci = rainbow(nrow(ms))
colci = rainbow(ncol(ms))

colnames(ms)=LETTERS[1:4]
limits=c(which(!duplicated(ms)),nrow(ms))
l=length(limits)
toname=round((limits[-l]+ limits[-1])/2)
freq=(limits[-1]-limits[-l])/nrow(ms)

rn=rep("", nrow(ms))
for(i in toname) rn[i]=paste(colnames(ms)[which(ms[i,]==1)],collapse="")
rn[toname]=paste(rn[toname], ": ", sprintf( "%.5f", freq ), "%")

heatmap(ms,
        Rowv=NA,
        labRow=rn,
        keep.dendro = FALSE,
        col=c("black","red"),
        RowSideColors=rowci,
        ColSideColors=colci,
        )

dev.copy2pdf(file="/tmp/file.pdf")
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3 回答 3

1

我使用这个Cairo包来制作 svg。这非常容易。这是一个比您的示例中的更简单的图：

require(Cairo)
CairoSVG(file = "tmp.svg", width = 6, height = 6)
plot(1:10)
dev.off()

在 Inkscape 中打开后，您可以取消组合元素并根据需要进行编辑。

示例（移动点，添加漩涡）：

在此处输入图像描述

于 2013-02-25T16:52:56.030 回答
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为什么不试试 RSvgDevice？使用它，您可以将图像保存为 svg 文件，这对于 Inkscape 来说比 pdf 方便得多

于 2013-02-18T11:44:01.907 回答
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我认为我们（互联网）在这方面不够清楚。

让我从一个成功的导出示例开始

png("heatmap.png") #Ruby dev's think of this as kind of like opening a `File.open("asdfsd") do |f|` block
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=terrain.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))
dev.off()

在我看来，这dev.off()让我想起了对endruby​​ 块或方法的调用，因为“嵌套”或封闭（在png()and之间dev.off()）代码输出的最后一行是转储到 png 文件中的内容。

例如，如果您运行以下代码：

png("heatmap4.png")
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=terrain.colors(32), scale="column", margins=c(5,15))
heatmap(sample_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=greenred(32), scale="column", margins=c(5,15))
dev.off()

它会将第二个（绿红色配色方案，我刚刚测试过）热图输出到 heatmap4.png 文件，就像 ruby​​ 方法默认返回其最后一行一样

于 2013-03-24T05:00:19.000 回答