我正在寻找一个鼠标 gtf 与袖扣一起运行，其中包含有关发起人、cds 和 tss 的数据。到目前为止，我只能找到一个带有基因和异构体数据的 gtf。
谢谢。
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启动子没有标准区域。对于 tss，您可以只取基因的起始位置，对于启动子，您可以在 tss 周围取 +-1000 nt，但这取决于您。有某种标准可以在 tss 周围取 2000 nt。
虽然如果你想用那个文件运行 cufflink，我看不出 tss. 也许只是在发起人中。或者在 de tss 周围做一个小区域，但它会在启动子区域内。
我认为您可以使用 awk 轻松完成此操作。
希望它能给一些帮助。也许如果你解释你想做什么，其他人知道你分析的其他选择。
于 2013-10-25T13:46:36.953 回答
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是的，Ensemble 网站有这样的 gtf。您也可以访问 igenome： http: //support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html 并选择您想要的版本。如果这不起作用，请告诉我。我可以随时向您发送我用于 mm10 的 gtf 文件
于 2015-12-31T06:56:35.937 回答