python - 将molfile转换为fasta

Question

我正在从事生物信息学项目。

我想使用 python 将 MDL 文件（molfile - .mol）转换为 FASTA 文件。

谁能告诉我我该怎么做？

mol 文件结构：http
://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile fasta 文件结构：http ://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format

Answer 1

RDKit提供了一个函数MolToFASTA(mol)，它为输入分子输出 FASTA 序列。应该是这样的：

from rdkit.Chem.rdmolfiles import MolFromMolFile, MolToFASTA

mol = MolFromMolFile("yourFile.mol")
fa = MolToFASTA(mol)
# write the fa string to file

不幸的是，我找不到用于测试的蛋白质示例 .mol 文件。