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我想将我的“数组数据”数据框转换为表达式集。我按照这个链接并设法得到相同的 ( Expressionset-phenodata )。

所以我在这里得到我的表达式集

> test
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 1000 features, 733 samples
  element names: exprs
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: X8261 X8164 ... X7727 (733 total)
  varLabels: Batch gender
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

但现在我想加载/使用这个对象/数据，以便将它用于特定的 R 包“PVCA”（http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/pvca/inst/doc/ pvca.pdf ) ，所以我这样做：

> data(test)
Warning message:
In data(test) : data set âtestâ not found

我收到此警告“找不到数据”。谁能帮我知道我为什么会得到这个？我能做些什么来加载我的数据并克服这个问题？

提前致谢..

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1 回答 1

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data是一个函数，它返回包的作者已包含在包中的数据集。如果您的目标是跨 R 会话保存 ExpressionSet（这不是使用 PVCA 所必需的，只需library(PVCA)在您创建 ExpressionSet 的同一会话中）然后使用

save(test, file="test.Rda")

在一个会话中和

load("test.Rda")

在另一个。

于 2013-02-06T14:29:23.977 回答