我有两个数据文件:一个包含基因表达数据,另一个包含基因组注释数据。我必须比较一个文件的第 1 列和第 2 列中的值,如果 1 > 2 则输出该行以及在注释数据文件的同一行上找到的 refseq id。
到目前为止,我已经打开了两个文件进行阅读:
#!usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
open (my $deg, "<", "/data/deg/DEG_list.txt") or die $!;
open (my $af "<", "/data/deg/Affy_annotation.txt") or die $!;
# I want to store data in hash
my %data;
while (my $records = <$deg>) {
chomp($records);
# the first line is labels so we want to skip this
if($records =~ /^A-Z/) {
next;
else {
my @columns = split("/\s/", $records);
if ($columns[2] > $columns[1]) {
print $records;
}
}
}
每次发生这种情况时,我都想打印该行,但我也想打印在其他数据文件中找到的基因 ID。我不知道该怎么做,加上我现在的代码不起作用,因为它不只是打印行。