我现在是我公司的新人，我的公司网站是基于1.3.8a创建的，更改了很多zencart核心文件，增加了很多新的二次开发文件。现在我老板想把公司网站更新到zencart 1.5.1，并且想从头开始建设网站，公司网站的新版本应该结构清晰，易于更新。
有好心人能给点建议吗？以及任何关于此的好消息？我的一些想法：
1.如果添加了新的classes文件，应该放在includes/classes/jy_class.xxx.php（jy是我的公司名称）；
2.如果是新的includes/modules/pages/xxx/header_php.php，应该放在includes/modules/jy/pages/xxx/
header_php.php 3.如果是新的函数，应该放在includes/functions/extra_functions/jy_functions_xxx .php
我知道这个问题是一个开放的问题，但这对我来说非常重要。我希望一些zencart开发专家给我一些好的建议。