sed - 在特定字符串之间替换字符

Question

我想将恰好位于两个特定字符串（DP 和 MQ）之间的每个逗号替换为分号。

输入

0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2

预期产出

0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

我在 DP 和 MQ 之前和之后有可变数量的字段，所以我认为 sed 是最好的。我不想在 DP 之前或 MQ 之后替换逗号。你们中的任何人都可以帮助我吗？我知道它应该看起来像这样

sed 's/DP=. ,. ,. ,. ,MQ/DP=某事MQ/g'

提前致谢

Answer 1

这可能对您有用（GNU sed）：

sed -r 's/DP.*MQ/\n&\n/;h;y/,/;/;G;s/.*\n(.*)\n.*\n(.*)\n.*\n/\2\1/' file

这个 sed 习语，标记有问题的字符串（使用换行符），复制标记的行，更改字符串，然后将原始行与更改的字符串组合。

字符串的标记可能必须更具体，即：

sed -r 's/DP=[^=]*MQ=/\n&\n/;h;y/,/;/;G;s/.*\n(.*)\n.*\n(.*)\n.*\n/\2\1/' file

如果只有一些文件可能包含有问题的字符串，请使用：

sed -r '/DP=[^=]*MQ=/{s//\n&\n/;h;y/,/;/;G;s/.*\n(.*)\n.*\n(.*)\n.*\n/\2\1/}' file     

Answer 2

使用 awk ，您可以这样做（前提是没有更多 = 那里）

awk -F"=" '{gsub(",",";",$2); $1 = $1; print $1"="$2"="$3}' temp.txt

输出

0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

Answer 3

下面的代码会做：

awk -F"=" '{OFS="=";gsub(",",";",$2)}1'

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | awk -F"=" '{OFS="=";gsub(",",";",$2)}1'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

或者您可以使用：

perl -plne '$_=~/DP=(.*)MQ/;$a=$1;$a=~s/,/;/g;$_=~s/(.*DP=).*(MQ.*$)/$1$a$2/g'

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -plne '$_=~/DP=(.*)MQ/;$a=$1;$a=~s/,/;/g;$_=~s/(.*DP=).*(MQ.*$)/$1$a$2/g'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

或者

perl -F"=" -ane '$F[1]=~s/,/;/g;print join "=",@F'

测试：

> echo "0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2" | perl -F"=" -ane '$F[1]=~s/,/;/g;print join "=",@F'
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2

Answer 4

如果您有gnu sed：这应该适用于您的示例：

sed -r 's/(.*DP=)(.*)(MQ=.*)/echo -n \1;echo -n \2 \|tr "," ";"; echo -n \3/ge' input

用你的例子测试

kent$  sed -r 's/(.*DP=)(.*)(MQ=.*)/echo -n \1;echo -n \2 \|tr "," ";"; echo -n \3/ge' <<<"0,0,0,DP=1,1,1,1,MQ=2,2,2"
0,0,0,DP=1;1;1;1;MQ=2,2,2