5

我无法在 R 中使用 hdf 文件。我相信 R 包hdf5将是我使用这些文件所需要的，但在安装它时遇到了困难。我收到以下警告：

> install.packages("hdf5")
Installing package(s) into ‘C:/Users/ME/Documents/R/win-library/2.15’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

   package ‘hdf5’ is available as a source package but not as a binary

    Warning message:
package ‘hdf5’ is not available (for R version 2.15.2)

有没有人有设置 R 的 Windows 操作系统版本来读取和使用 hdf 文件的经验？可以在这里找到我希望使用的 hdf 文件示例。

4

2 回答 2

15

Bioconductor rhdf5软件包可在所有平台上使用，并且没有系统依赖项。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")

然后每个会话

library("rhdf5")
于 2013-02-04T14:27:56.177 回答
7

您需要先编译包。请参阅Rtools以获得帮助。

在HDF5 的 CRAN 页面上，您可以从自述文件中看到 CRAN 使用的 Windows 构建机器上缺少依赖项。也许您可以自己编译这些依赖项。

实际上这里有一个包中的指南（win_readme.txt）：

hdf5 R 包 - Windows 自述文件：

要编译然后使用 hdf5 库，您需要 hdf5 库的 Windows 二进制文件，网址为： http ://hdf.ncsa.uiuc.edu 。我们使用 Windows 二进制版本 1.4.3 对其进行了测试。

下载 zip 包并将其解压缩到某个位置（例如，在 c:\temp 中；此目录将在下面调用）。

1）库的编译：

  • 如果还没有解压库的当前源文件在 \src\hdf5 中。

  • 将 hdf5dll.dll 从 \5-143-win\c\release\dll 复制到 \src\hdf5\src

  • 将 \5-143-win\c\release\include 复制到 \src\hdf5\src\include （此目录中的所有文件）

  • 现在您应该像往常一样使用 Rcmd INSTALL %R_HOME%\src\hdf5 成功编译

  • 您可以压缩目录 \library\hdf5 以制作可安装的 Windows 二进制包

2）hdf5库的安装：

如果您没有将相应的 hdf5dll.dll 放在您的路径中，您将无法运行此包中的函数... 警告：使用与用于编译的版本不同的 dll 版本可能会导致 R 崩溃！

于 2013-02-04T14:05:38.190 回答