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我已经完成了我的研究和谷歌搜索，但还没有找到解决以下问题的方法。我经常从这个论坛找到与 R 相关的问题的解决方案，所以我想我会尝试一下，希望有人可以提出建议。我的博士论文需要它；任何我将使用的代码或建议的人自然会得到认可和认可。

所以：我需要画线/线段来连接 R 图中（特别是多维缩放）中的点（也欢迎基于 SPSS 的解决方案） - 但不是在所有点之间，只是那些代表属性/变量的点至少一个数据项共享 - 线的位置应基于相关绘图基于自身的数据。让我举例说明；以下是一些带有虚拟变量的虚构数据，其中“1”表示该项目具有该属性：

       "properties"
        a   b   c
"items" ---------
tree  | 1   1   0
house | 0   1   1
hut   | 0   1   1
book  | 1   0   0

在此处输入图像描述

该图是一个多维比例图（距离将被解释为相异）。这是逻辑：

  • A 和 B 之间有一条线，因为数据中至少有一个项目/变量（“树”）同时具有这两个属性；
  • B 和 C 之间有一条线，因为数据中至少有一个项目（“house”和“hut”）同时具有这两个属性；
  • 有一个项目（“书”）只有一个属性（A），所以它不影响行的放置
  • 重要的是，A 和 C 之间没有界限，因为数据中没有项目同时具有这两个属性。

我正在寻找的是一种自动/计算添加灰线的方法，我现在在上面的图中手动绘制了这种方法。自动绘图应基于上述数据。对于一个小的数据集，手动绘制线条是没有问题的，但是当有数十个这样的“属性”和数百个项目/行数据时，就会成为一个问题。有任何想法吗？一些 R 代码（如果可能的话，评论）将是最受欢迎的！

编辑：似乎我忘记了一些非常重要的事情。首先，@GaborCsardi 下面提出的解决方案与示例数据完美配合，谢谢！但我忘了包括点的链接也应该是“保守的”，尽可能少的连接线。例如，如果有一个项目具有所有“属性”，那么即使这些点已经由其他项目连接，即使是间接连接，它也不应该仅仅因为这个而在图中的每个属性点之间创建线。因此，基于以下数据的绘图不应是一个完整的三角形，即使 item1 具有所有三个属性：

      A B C
item1 1 1 1
item2 1 1 0
item3 0 1 1

相反，A,B 和 B,C 应该通过一条线连接，但是 A 和 C 之间的一条线会很夸张，因为它们已经间接连接（通过 B）。这可以用发生率图来完成吗？

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如果您使用图表并创建表格中的二分图的投影，这将非常容易。例如

library(igraph)

## Some example data
mat <- "       properties
        items  a   b   c
        tree   1   1   0
        house  0   1   1
        hut    0   1   1
        book   1   0   0
       "
tab <- read.table(textConnection(mat), skip=1,
                  header=TRUE, row.names=1)

## Create a bipartite graph
graph <- graph.incidence(as.matrix(tab))

## Project the bipartite graph
proj <- bipartite.projection(graph)

## Plot one of the projections, the one you need 
## happens to be the second one
plot(proj$proj2)

## Minimum spanning tree of the projection
plot(minimum.spanning.tree(proj$proj2))

有关更多信息，请参阅手册页，?"igraph-package" ?graph.incidence即?bipartite.projection和?plot.igraph。

于 2013-02-03T15:41:00.347 回答