我有一个数据框,它的列是实验的不同样本。我想找到这些样本之间的相关性。所以样本 v2 和 v3 之间,样本 v2 和 v4 之间的相关性,......这是数据框:
> head(t1)
V2 V3 V4 V5 V6
1 0.12725011 0.051021886 0.106049328 0.09378767 0.17799444
2 0.86096784 1.263327211 3.073650624 0.75607466 0.92244361
3 0.45791031 0.520207274 1.526476608 0.67499102 0.49817761
4 0.00000000 0.001139721 0.003158557 0.00000000 0.00000000
5 0.13383965 0.098943019 0.099922146 0.13871867 0.09750611
6 0.01016334 0.010187671 0.025410170 0.00000000 0.02369374
> nrow(t1)
[1] 23367
如果我为此数据帧运行 cor 函数以获取样本(列)之间的相关性,我会得到所有样本的 NA:
> cor(t1, method= "spearman")
V2 V3 V4 V5 V6
V2 1 NA NA NA NA
V3 NA 1 NA NA NA
V4 NA NA 1 NA NA
V5 NA NA NA 1 NA
V6 NA NA NA NA 1
但如果我运行这个:
> cor.test(t1[,1],t1[,2], method="spearman")$estimate
rho
0.92394
那不一样。为什么会这样?获得这些样本之间相关性的正确方法是什么?先感谢您。