我正在开发一个 python 程序来计算突变残基的数字编码和一组字符串(蛋白质序列)的位置,存储在 fasta 格式文件中,每个蛋白质序列用逗号分隔。我试图找到突变的位置和序列。
我的fasta文件如下:
MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN
示例:
下图(基于另一组fasta文件)将解释其背后的算法。在该图中,第一个框表示输入文件序列的对齐。最后一个框代表输出文件。如何使用 Python 中的 fasta 文件执行此操作?
示例输入文件:
MTAQDD,MTAQDD,MTSQED,MTAQDD,MKAQHD
positions 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6
protein sequence1 M T A Q D D T A D
protein sequence2 M T A Q D D T A D
protein sequence3 M T S Q E D T S E
protein sequence4 M T A Q D D T A D
protein sequence5 M K A Q H D K A H
PROTEIN SEQUENCE ALIGNMENT DISCARD NON-VARIABLE REGION
positions 2 2 3 3 5 5 5
protein sequence1 T A D
protein sequence2 T A D
protein sequence3 T S E
protein sequence4 T A D
protein sequence5 K A H
变异的残基被拆分为单独的列
输出文件应该是这样的:
position+residue 2T 2K 3A 3S 5D 5E 5H
sequence1 1 0 1 0 1 0 0
sequence2 1 0 1 0 1 0 0
sequence3 1 0 0 1 0 1 0
sequence4 1 0 1 0 1 0 0
sequence5 0 1 1 0 0 0 1
(RESIDUES ARE CODED 1 IF PRESENT, 0 IF ABSENT)
这是我尝试过的两种方法:
ls= 'MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN'.split(',')
pos = [set(enumerate(x, 1)) for x in ls]
a=set().union(*pos)
alle = sorted(set().union(*pos))
print '\t'.join(str(x) + y for x, y in alle)
for p in pos:
print '\t'.join('1' if key in p else '0' for key in alle)
(在这里我得到了突变和非突变残基的列,但我只想要突变残基的列)
from pandas import *
data = 'MTAQDDSYSDGKGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTSQEDSYSDGKGNYNTIMPGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIMPGAVFQLN,MKAQDDSYSDGRGNYNTIYLGAVFQLQ,MKSQEDSYSDGRGDYNTIYLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGDYNTIYPGAVFQLN,MTAQEDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLQ,MTAQDDSYSDGKGDYNTIMLGAVFQLN,MTAQDDSYSDGRGEYNTIYLGAVFQLN'
df = DataFrame([list(row) for row in data.split(',')])
df = DataFrame({str(col+1)+val:(df[col]==val).apply(int) for col in df.columns for val in set(df[col])})
print df.select(lambda x: not df[x].all(), axis = 1)
(这里给出输出,但不是有序的,即先是 2K,然后是 2T,然后是 3A。)
我应该怎么做?