r - R 使用 TDD (RUnit) 开发生物导体包

Question

我正在尝试遵循BioConductor RUnit 指南。我遵循了最小设置，所以我有：

Suggests: RUnit, BiocGenerics在描述中

BiocGenerics:::testPackage("MyPackage")在 MyPackage/tests/runTests.R

和一些 test_XXX.R 文件MyPackage/inst/unitTests/

如果我运行单个测试文件：

library(RUnit)
source("LIBRARY FILES")
source("MyPackage/inst/unitTests/test_getKeywordValue.R")
test_getKeywordValue()

测试运行（并在需要失败时失败），但如果我运行

R CMD check MyPackage

命令说：

* checking tests ...
  Running ‘runTests.R’
 OK

但是不要在MyPackage/inst/unitTests目录中运行我的测试......

我错过了什么？

Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0  
R version 2.15.2 (2012-10-26)

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我不知道这方面的 BioC 指南，但我有许多 CRAN 包，它们使用 Martin Maechler 最初为一些 Rmetrics 包开发的方案。

它在此R Wiki 帖子中进行了描述，您可以查看我在 RcppArmadillo 或 RcppGSL 或其他一些包中的变体。密钥通常是一个文件tests/doRUnit.R，该文件进行必要的旋转以从源代码或已安装的包运行。

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问题解决了。

这是故事：

在我的包裹中，我用这一行放置了一个 .Rinstignore 文件：

test/*

我期待 glob 风格的匹配（如 .gitignore），但相反，如RShowDoc("R-exts")说：

.Rinstignore 进行 perl 风格的正则表达式匹配。

所以，我的规则test/*被 R 解释为：

Ignore all files starting with test followed by 0 or more '/'

（部分 /* 被解释为匹配零个或多个 / 字符）

快速检查一下它grep是如何工作的：

grep("test/*", "inst/unitTests/test_bar.R",perl=TRUE)
[1] 1

删除线

test/*

来自.Rinstignore 解决了这个问题。

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