r - 在 R 中使用 graph.adjacency()

Question

我在 R 中有一个示例代码，如下所示：

library(igraph)
rm(list=ls())
dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE,row.names=1,check.names=T) # read .csv file
m=as.matrix(dat)
net=graph.adjacency(adjmatrix=m,mode="undirected",weighted=TRUE,diag=FALSE)

我使用 csv 文件作为输入，其中包含以下数据：

    23732   23778   23824   23871   58009   58098   58256
23732   0   8   0   1   0   10  0
23778   8   0   1   15  0   1   0
23824   0   1   0   0   0   0   0
23871   1   15  0   0   1   5   0
58009   0   0   0   1   0   7   0
58098   10  1   0   5   7   0   1
58256   0   0   0   0   0   1   0

在此之后，我使用以下命令检查重量值：

E(net)$weight

预期的输出有点像这样：

> E(net)$weight
 [1]  8  1 10  1 15  1  1  5  7  1

但是我得到了奇怪的值（并且每次都不同）：

> E(net)$weight
 [1] 2.121996e-314 2.121996e-313 1.697597e-313  1.291034e-57 1.273197e-312 5.092790e-313 2.121996e-314 2.121996e-314 6.320627e-316 2.121996e-314 1.273197e-312 2.121996e-313
[13] 8.026755e-316  9.734900e-72 1.273197e-312 8.027076e-316 6.320491e-316 8.190221e-316 5.092790e-313  1.968065e-62 6.358638e-316

我无法找到我在哪里做错了什么？请帮助我获得正确的预期结果，也请告诉我为什么这个奇怪的输出，而且每次运行时都不一样。？？

谢谢，尼丁

Answer 1

下面只是一个小的工作示例，比 CSV 输入更清晰。

library('igraph');
adjm1<-matrix(sample(0:1,100,replace=TRUE,prob=c(0.9,01)),nc=10); 
g1<-graph.adjacency(adjm1); 
plot(g1)

Ps?graph.adjacency有很多很好的例子（记得运行library('igraph')）。

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Answer 2

问题似乎是由于矩阵元素的数据类型。graph.adjacency需要 type 的元素numeric。不确定它是否是一个错误。

做完之后，

m <- as.matrix(dat)

将其模式设置为numeric：

mode(m) <- "numeric"

然后做：

net <- graph.adjacency(m, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = FALSE)
> E(net)$weight
[1]  8  1 10  1 15  1  1  5  7  1