我已经自动化了我的构建，使用 Pandoc 将 Markdown 文件转换为 DOCX 文件。我什至为最终文档的样式使用了参考文档。我使用的命令是：
pandoc -f markdown -t docx --data-dir=docs/rendering/ mydoc.md -o mydoc.docx
由reference.docxPandoc 提取，Pandoc使用与参考文档相同的样式进行docs/rendering渲染。mydoc.docx
但是，reference.docx包含的不仅仅是样式。它包含公司徽标、序言等。
如何自动将 Markdown 内容与reference.docx. 我的解决方案需要在 Linux 上运行。
更新
使用用户 Christian Long 建议的管道版本：
pandoc -t latex mydoc.md | pandoc -f latex --data-dir=docs/rendering/ -o mydoc.docx
我知道这来晚了，但我假设人们在最初的问题出现三年后仍在寻找解决方案——我知道我是。
我的解决方案是使用 LaTeX 作为 markdown 和 docx 之间的中介（实际上，我是从 org-mode 转换的，但有相同的区别）。所以在你的情况下，我相信一个单一的解决方案是：
pandoc -f markdown -t latex -o mydoc.tex mydoc.md && \
pandoc -f latex -t docx --data-dir=docs/rendering/ -o mydoc.docx mydoc.tex
这可能会让你更接近你的目标。当然，Pandoc 可以处理大约数百个参数，并且可能有一些方法可以使这个参数更漂亮。自从您第一次发布问题以来，它也得到了很多更新。
理想情况下，您可以使用自定义 docx 模板，但 pandoc 还不支持。reference.docx文件只允许将自定义样式嵌入到新创建的 docx 文件中。
幸运的是，您可以使用 odt 而不是 docx 来近似这一点。您可以相当轻松地修改默认 OpenDocument 模板以包含您的自定义徽标、序言和其他内容。将自定义模板与reference.odt文件结合使用以获取所有样式和自定义内容。
获得 odt 格式的文件后，您可以使用任意数量的命令行工具将 odt 转换为 docx。例如，在 Linux 上，您可以运行
libreoffice --invisible --convert-to docx test.odt
或者在 OS X 上：
/Applications/LibreOffice.app/Contents/MacOS/soffice.bin --invisible --convert-to docx test.odt
理想情况下，PanDoc 会增加这个功能，但看起来不太可能很快。
我不知道有什么工具可以直接完成这项工作，但您可能会退回到合并reference.docx和您的 PanDoc 生成mydoc.docx的代码中。
.docx 格式是（主要是）XML 文件的 ZIP 存档。最重要的是word/document.xml。如果您使用 XML 工具从一个文件中获取（大部分）document.xml文件并将其插入到另一个文件中，那么您将获得更接近您需要的东西。
如果插图有帮助，我可以在 Ruby 中编写一个示例。
我在一些复杂的模板上使用它，发现它很好地映射了字体、公司徽标等。但是要使用 .docx -> .docx，我必须手动将标题样式应用于章节/分节符。字体是正确的，但切片不正确。我将尝试 .md -> .docx 接下来。
此功能现在在 Pandoc 中可用，如下所述：
从上面的链接：
pandoc input --reference-docx=my-reference.docx -o out.docx
其中my-reference.docx(nb not a .dotx) 可以是：