我正在基于 csv 文件在 R 中编写热图。这包含以下信息:
NAME,metformin,metformin,phenformin,phenyl biguanide,metformin,estradiol
Adenocarcinoma of lung,0,0,0,-1.834006462,1.715939688,0
Adenocarcinoma of lung,1.995916353,0,0,0,0,0
Thymic carcinoma,1.154056722,1.106488961,0,1.145126548,0,-1.14095315
alpha-1-Antitrypsin deficiency,0,0,0,0,-1.917025669,-1.974151858
所以我想创建一个热图,其中行的名称出现标签:肺腺癌,腺癌......等。我正在执行以下步骤:
hm<-read.csv("heatmap1.csv",sep=",")
row.names(hm)<-hm$NAME
hm<-hm[,2:7]
hm_matrix<-data.matrix(hm)
heatM<-heatmap(hm_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))
我遇到的问题是:
row.names(hm)<-hm$NAME
Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = c(1L, 1L, 3L, 2L)) :
duplicate 'row.names' are not allowed
我知道我有一个重复的名字,但我真的需要数据出现在热图中,因为测量水平(数量)是不同的,即使它们来自同一种疾病。
谢谢您的帮助