python - 如何在没有root权限的情况下安装python包？

Question

我正在使用numpy// 在 Mac OS X 上做一些研究计算scipy。pynest为了性能，我们从我们大学租用了一个 400 节点的集群（使用 Linux），以便可以并行完成任务。问题是我们不允许在集群上安装任何额外的包（没有sudo或任何安装工具），它们只提供原始 python 本身。

那么如何在集群上运行我的脚本呢？有什么方法可以集成模块（我认为 numpy 和 scipy 也有一些已编译的二进制文件），以便可以在不安装包的情况下解释和执行它？

Answer 1

You don't need root privileges to install packages in your home directory. You can do that with a command such as

pip install --user numpy

or from source

python setup.py install --user

See https://stackoverflow.com/a/7143496/284795

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The first alternative is much more convenient, so if the server doesn't have pip or easy_install, you should politely ask the admins to add it, explaining the benefit to them (they won't be bothered anymore by requests for individual packages).

Answer 2

您可以通过virtualenv包创建一个虚拟环境。

这将创建一个文件夹（例如venv），其中包含 Python 可执行文件的新副本和一个新site-packages目录，您可以在其中“安装”任意数量的包，而根本不需要任何类型的管理访问权限。因此，通过激活环境source venv/bin/activate将为 Python 提供一个相当于安装了这些包的环境。

我知道这适用于 SGE 集群，尽管激活虚拟环境的方式可能取决于集群的配置。

您可以尝试virtualenv使用以下步骤在您自己的站点包目录中的集群上安装：

1. 从这里下载 virtualenv ，把它放到你的集群上

2. 将其安装setup.py到特定的本地目录以用作您自己的站点包：

   python setup.py build
   python setup.py install --install-base /path/to/local-site-packages
   

3. 将该目录添加到您的 PYTHONPATH：

   export PYTHONPATH="/path/to/local-site-packages:${PYTHONPATH}"
   

4. 创建一个虚拟环境：

   virtualenv venv
   

Answer 3

您可以通过调用从任意路径导入模块：

sys.path.append()

Answer 4

Python Distribution Anaconda 解决了这个问题中讨论的许多问题。Anaconda 不需要管理员或 root 访问权限，并且能够安装到您的主目录。Anaconda 附带了许多有问题的软件包（scipy、numpy、sklearn 等）以及 conda 安装程序，用于在需要其他软件包时安装其他软件包。

可以从https://www.continuum.io/downloads下载