0

有人知道如何使用 Biopython 从多重对齐（斯德哥尔摩，Rfam）中恢复 SS_cons 吗？该文件作为 AlignIO 对象读入。我正在导入具有以下格式的多重比对（1990 序列）：

BAAY01001440.1/1679-1604                   ....................GG.CU.G.U.G.AC.G.C.AA.AGC.U..A
BABD01024787.1/545-457                     ....................CA.UA.A.G.G.UC.G.C.AA.AGC.C..A
AAUQ01092265.1/84-10                       ....................GG.CG.G.G.G.AC.G.G.AA.AGC.C..A
#=GC SS_cons                               ....................>>.>>.>.>......>.>....<<<.<...
#=GC RF                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~.gg.cg.g.g.G.AC.G.C.AA.AgC.c..A

我试过了：

record.letter_annotations('secondary_structure')

但我得到：

TypeError: '_RestrictedDict' object is not callable

可能只有当每个序列都有二级结构时，调用才可用，这里不是这种情况。无论如何，我认为应该可以恢复 SS_cons。谢谢你的帮助！

4

1 回答 1

0

您应该像在典型的 Python 字典中那样使用方括号：

record.letter_annotations['secondary_structure']

Python 对函数或方法参数使用圆括号（或者在 Python 的术语中，可调用对象），这不是函数或方法（这是 Python 异常试图告诉你的）。

但是，这不会给你你想要的，这是整个对齐的属性，而不是任何单独的记录 - 请参阅https://redmine.open-bio.org/issues/3387

于 2012-12-30T10:10:27.930 回答