向全世界的 Perl 大师致敬!
我有一个像这样的文件要解析并想要制作......
从第一列开始,ID、外显子信息、起始位置、结束位置和方向。ID 遇到一个数时加 1。
1 9239 712 8571 +
1 start_codon 712 714 +
1 stop_codon 8569 8571 +
2 3882 24137 24264 +
2 start_codon 24137 24139 +
3 3882 24322 24391 +
4 3882 24490 26064 +
4 stop_codon 26062 26064 +
5 4972 26704 26740 +
5 start_codon 26704 26706 +
6 4972 26814 27170 +
7 4972 27257 27978 +
7 stop_codon 27976 27978 +
8 10048 40161 41114 -
8 start_codon 41112 41114 -
8 stop_codon 40161 40163 -
9 272 43167 43629 -
9 stop_codon 43167 43169 -
10 272 43755 44059 -
10 start_codon 44057 44059 -
像这样 ....
1 9239 *712* *8571* +
1 start_codon 712 714 +
1 stop_codon 8569 8571 +
*X 9239 712 8571 +*
2 3882 *24137* 24264 +
2 start_codon 24137 24139 +
3 3882 24322 24391 +
4 3882 24490 *26064* +
4 stop_codon 26062 26064 +
*X 3882 24173 26064 +*
5 4972 *26704* 26740 +
5 start_codon 26704 26706 +
6 4972 26814 27170 +
7 4972 27257 *27978* +
7 stop_codon 27976 27978 +
*X 4972 26704 27978 +*
8 10048 *40161* *41114* -
8 start_codon 41112 41114 -
8 stop_codon 40161 40163 -
*X 10048 40161 41114 -*
9 272 *43167* 43629 -
9 stop_codon 43167 43169 -
10 272 43755 *44059* -
10 start_codon 44057 44059 -
*X 272 43167 44059 -*
必须添加以 X 开头的每一行,但以我的技能我不能... :(
问题是对于第二列中的每个外显子编号,忽略“start_codon”和“end_codon”,必须在星号 * 之间获得最小编号的外显子位置和最大编号的外显子位置。
这是我解析数据的基本代码......但我想,必须从头开始重新编码(我不知道如何插入行'X')
(对不起,我删除了代码,因为它不够好,可能会造成混乱......)
世界上的Perl大师,你能帮帮我吗???
谢谢!!
正如 TLP 所说,我把我的代码放回去了。虽然它的令人尴尬的代码
use strict;
if (@ARGV != 1) {
print "Invalid arguments\n";
print "Usage: perl min_max.pl [exon_output_file]\n";
exit(0);
}
my $FILENAME = $ARGV[0];
my $exonid = 0;
my $exon = "";
my $startpos = 0;
my $endpos = 0;
my $strand = "";
my $min_pos = 0;
my $max_pos = 0;
open (DATA, $FILENAME);
while (my $line = <DATA>) {
chomp $line;
if ($line ne "") {
if ($line =~ /^(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)\t(.+)/) {
$exonid = $1;
$exon = $2;
$startpos = $3;
$endpos = $4;
$strand = $5;
}
if ($exon =~ /\d+/) {
print $exonid,"\t",$exon,"\t",$startpos,"\t",$endpos,"\t",$strand,"\n";
} else {
print $exonid,"\t",$exon,"\t",$startpos,"\t",$endpos,"\t",$strand,"\n";
}
}
}
close (DATA);
exit;
如何比较最大值和最小值....