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我的数据框 (g) 包含 2 列带有连续数据的列和其他带有分类数据的列。我想测试由第三列定义的不同组中的 2 个连续变量之间的相关性。
g (157X3000) 看起来像：

     Geno          GDW         GN        M1     M2      M3
1 SB002XSB012 -17.1597630   52.31961    G/G    C/C     T/T
3 SB002XSB044  -3.6537657   53.81305    G/G    C/G     G/G
4 SB002XSB051  -7.8411596   58.05924    A/G    C/C     G/T
5 SB002XSB067   2.8412103   30.85074    A/G    G/G     G/T
6 SB002XSB073 -16.0789550  -10.09913    A/A    C/G     G/G
7 SB002XSB095   0.1759709   10.28837    A/A    G/G     T/T

我正在寻找每个 M 定义的每个组中 GDW 和 GN 之间的相关性。我尝试过：

q<- function (x) {

spl<-split(g[,2:3],x)

r<-function(x) { if ((nrow(x[[1]][1]))>2)

cor.test(x[[1]][1],x[[1]][2],use="pairwise.complete.obs")[3:4] else Na
}

cor<- sapply(spl,r)

}

all.cor<- apply(g[,4:ncol(g)],2,q)

并得到：

Error in if ((nrow(x[[1]][1])) > 2) cor.test(x[[1]][1], x[[1]][2], use = "pairwise.complete.obs")[3:4] else Na : 
  argument is of length zero

并没有解决它

有任何想法吗

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2 回答 2

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如果我理解正确，您想为 M1 列中的每个值计算 GDW 和 GN 之间的相关性（即，通过在 M1 的每个唯一值处进行拆分）。

使用 Hadley 的plyr

require(plyr)
# assuming the data.frame is df (Note: factor M1 if necessary)
daply(df, .(M1), function(y) cor(y$GDW, y$GN))
于 2012-12-25T13:22:51.223 回答
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我想你想要这个函数内部r：

if ((length(x[[1]]))>2)
    cor.test(x[[1]],x[[2]],use="pairwise.complete.obs")[3:4] else NA

x[[1]]是一个向量，而x[[1]][1]是该向量的单个元素。您显然需要向量cor.test而不是单个元素。

此外，一个向量有一个length但nrow不合适。

您得到的错误是评估的结果nrow(x[[1]][1])，NULL因此nrow(x[[1]][1]) > 2评估为logical(0)。的参数if应该是logical长度为 1 的 a。

于 2012-12-25T14:43:06.207 回答