imagej - 从 ImageJ 中的蒙版中选择一个连接的对象

Question

我想使用 Fiji (ImageJ) 进行一些简单的预处理操作并创建一个二进制掩码。我只是在使用 GUI，我对自动程序不感兴趣。我得到了以下蒙版：（这只是一个切片，实际蒙版是 3D，298 MB）

我需要提取一个 3D 连接对象，这样结果将是：

理想情况下，我想使用相当于魔杖工具的 3D 工具单击对象内部的一个点，选择对象，反转选择，乘以 0。首先，我尝试使用命令分析 - 3D 对象计数器，但是我猜图像太大太复杂（操作在第 2 步冻结。连接对象）。有什么我可以遵循的程序吗？

Answer 1

在斐济，您可以执行以下操作：

1. 用 反转图像Edit > Invert。
2. 从斐济工具栏中选择点选择工具。
3. 单击要从中提取连接的白色像素的区域，以在此处放置点选择。
4. 运行Plugins > Process > Find Connected Regions。
5. 选择Start from point selection?并更改Stop after this number of regions are found为1。
6. 单击OK。

该插件有一些文档（我很久以前写的）。它使用一种非常简单的算法来查找连接区域，但对于许多目的来说已经足够了。