ifxmpl
是一个列表,其中每个元素都有一个整数age
和一个列表data
,其中data
包含三个大小相等的矩阵a
,c
最好的方法是什么
cor( xmpl[[:]]$data[[:]][c('a','b','c')], xmpl[[:]]$age)
其中结果将是3 x length(a)
数组或列表,反映 age
与a
(row 1)、b
(row 2) 和c
(row 3) 的每个元素的每个实例相关xmpl
。
我正在阅读代表不同管道输出的矩阵。每个主题有 3 个这样的主题和很多主题。目前,我已经建立了一个主题列表,其中包含一个管道矩阵列表。
结构如下:
str(exmpl)
$ :List of 4
..$ id : int 5
..$ age : num 10
..$ data :List of 3
.. ..$ a: num [1:10, 1:10] 0.782 1.113 3.988 0.253 4.118 ...
.. ..$ b: num [1:10, 1:10] 5.25 5.31 5.28 5.43 5.13 ...
.. ..$ c: num [1:10, 1:10] 1.19e-05 5.64e-03 7.65e-01 1.65e-03 4.50e-01 ...
..$ otherdata: chr "ignorefornow"
#[...]
我想将a
所有科目的每个元素与科目的年龄相关联。然后对 and 执行相同的操作b
,c
并将结果放入列表中。
我认为我正在以一种对 R 来说很尴尬的方式来处理这个问题。我对存储和检索这些数据的“R 方式”很感兴趣。
数据结构和所需的输出 http://dl.dropbox.com/u/56019781/linked/struct-2012-12-19.svg
library(plyr)
## example structure
xmpl.mat <- function(){ matrix(runif(100),nrow=10) }
xmpl.list <- function(x){ list( id=x, age=2*x, data=list( a=x*xmpl.mat(), b=x+xmpl.mat(), c=xmpl.mat()^x ), otherdata='ignorefornow' ) }
xmpl <- lapply( 1:5, xmpl.list )
## extract
ages <- laply(xmpl,'[[','age')
data <- llply(xmpl,'[[','data')
# to get the cor for one set of matrices is easy enough
# though it would be nice to do: a <- xmpl[[:]]$data$a
x.a <- sapply(data,'[[','a')
x.a.corr <- apply(x.a,1,cor,ages)
# ...
#xmpl.corr <- list(x.a.corr,x.b.corr,x.c.corr)
# and by loop, not R like?
xmpl.corr<-list()
for (i in 1:length(names(data[[1]])) ){
x <- sapply(data,'[[',i)
xmpl.corr[[i]] <- apply(x,1,cor,ages)
}
names(xmpl.corr) <- names(data[[1]])
最终输出:
str(xmpl.corr)
List of 3
$ a: num [1:100] 0.712 -0.296 0.739 0.8 0.77 ...
$ b: num [1:100] 0.98 0.997 0.974 0.983 0.992 ...
$ c: num [1:100] -0.914 -0.399 -0.844 -0.339 -0.571 ..