perl - 将文件的所有单独段落放在单独的行中

Question

我有一个包含序列数据的文件，其中每个新段落（由两个空行分隔）都包含一个新序列：

#example

ASDHJDJJDMFFMF
AKAKJSJSJSL---
SMSM-....SKSKK
....SK


SKJHDDSNLDJSCC
AK..SJSJSL--HG
AHSM---..SKSKK
-.-GHH

我想得到一个看起来像这样的文件：

ASDHJDJJDMFFMFAKAKJSJSJSL---SMSM-....SKSKK....SK
SKJHDDSNLDJSCCAK..SJSJSL--HGAHSM---..SKSKK-.-GHH

每个序列的长度相同（如果有帮助的话）。

我还希望对存储在不同目录中的多个文件执行此操作。

我刚试过

sed -e '/./{H;$!d;}' -e 'x;/regex/!d' ./text.txt

但是这只是删除了整个文件：S

任何帮助都将不胜感激 - 不必在 sed 中，如果你知道如何在 perl 或其他东西中做到这一点，那也很棒。

谢谢。

Answer 1

您需要做的就是将每个字段由换行符分隔的空行分隔记录 (RS) 文件转换为每个字段不分隔 (OFS) 的换行符分隔记录文件。只需设置适当的 awk 变量并重新编译记录：

$ awk '{$1=$1}1' RS= OFS= file
ASDHJDJJDMFFMFAKAKJSJSJSL---SMSM-....SKSKK....SK
SKJHDDSNLDJSCCAK..SJSJSL--HGAHSM---..SKSKK-.-GHH

Answer 2

awk '
    /^[[:space:]]*$/ {if (line) print line; line=""; next}
    {line=line $0}
    END {if (line) print line}
'

perl -00 -pe 's/\n//g; $_.="\n"'

对于多个文件：

# adjust your glob pattern to suit, 
# don't be shy to ask for assistance
for file in */*.txt; do
    newfile="/some/directory/$(basename "$file")"
    perl -00 -pe 's/\n//g; $_.="\n"' "$file" > "$newfile"
done

Answer 3

如果您愿意，可以使用 Perl 单线：

perl -nle 'BEGIN{$/=""};s/\n//g;print $_' file

该$/变量等价于awk'sRS变量。当设置为空字符串 ( "") 时，它会导致两个或多个空行被视为一个空行。这就是所谓的“段落式”阅读。对于读取的每条记录，都会删除所有换行符。开关在-l每个输出字符串的末尾添加一个换行符，从而给出所需的结果。

Answer 4

只需尝试找到那些双换行符： \n 或 \r 并首先用特殊符号替换那些 :$: 然后用空字符串替换每个换行符以将整个文件放在一行中。接下来，用简单的换行符替换您的特殊符号:)