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在 R 脚本中解析命令行参数

这是我在这里的第一篇文章,如果我要问一些菜鸟问题或已经回答的问题,请客气。

我编写了一个 R 脚本,它将文件作为输入并计算第二列的连续数据点之间的差异,并绘制计算出的差异点的直方图。

一切都很好,但我希望该脚本将输入作为命令行参数。我尝试了 --args 和 --slave 但它不起作用!我如何实现它?而且该脚本非常慢,因为我使用 2 个 for 循环编写它,这需要 10 分钟来处理 50k 行文件,而 awk 在 30 秒内完成此操作。有什么技巧可以加快速度吗??

数据如下所示:

CHROM   POS
chr01   925
chr01   929
chr01   981
chr01   1008
chr01   1012
chr01   1042
chr01   1065
chr01   1255
chr01   1260

谢谢你。

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您可以访问通过该commandArgs()函数传递给 R 的命令行参数。这将返回一个您可以以通常方式访问的列表。有关?commandArgs更多详细信息,请参阅。

于 2012-12-12T10:17:05.990 回答