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我在 R 中使用 nlstools 包。我为我的数据拟合了一个模型并很好地绘制了它。我不确定我做错了什么，但我似乎无法从 nlstools 调用方法，因为我收到“找不到对象”的错误。这是代码，错误行已注释：

Y=y_coll
X=x_ntips
d=data.frame(X,Y)

thisfit=nls(Y ~ a*X^b,data=d, start = list(a = .1, b = .1)) 

### Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'd' not found
#a=nlsBoot (thisfit, niter = 999)
#cr= nlsConfRegions(thisfit, exp = 2, length = 200) 

#plotting   
res= data.frame(X, pred = predict(thisfit)) 
points(res[order(X),], type='l', col="grey40", lty=1)

关于发生了什么的任何想法？谢谢

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好的，这就是我发现的：问题是当对 nlsBoot 的调用在函数内部时。下面的代码应该会复制问题（nlsBoot 找不到变量 d）：

library(nlstools)

call_thisFunction <- function(){

        X=c(69, 36, 135, 66, 10, 6, 15, 18)
        Y=c(0.10008780, 0.20840336, 0.08147234, 0.12500000, 0.19444444, 0.60000000, 0.21978022, 0.29411765)
        d<- data.frame(X=X,Y=Y)
        print(d)
        thisfit<- nls(Y ~ a*X^b,data=d, start = list(a = .1, b = .1)) 
        print("done NLS")
        a= nlsBoot(thisfit, niter = 50) #FAIL - Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'd' not found

}

call_thisFunction()

我还注意到，如果我将变量 d 设为全局：

d<<- data.frame(X=X,Y=Y)

或者在调用之前在函数之外定义它：

(...)
d=c()
call_thisFunction()

一切正常。如果有人知道原因，请发布。谢谢！

这是一个修复（注释掉的行来自原始行，并被它们后面的行替换）：

# nlsBoot <- function(nls, niter = 999)
nlsBoot <- function (nls, niter = 999, envir = parent.frame())
{
    if (!inherits(nls, "nls")) 
        stop("Use only with 'nls' objects")

    # data2 <- eval(nls$data, sys.frame(0))
    data2 <- eval(nls$data, envir)
    fitted1 <- fitted(nls)
    resid1 <- resid(nls)
    var1 <- all.vars(formula(nls)[[2]])
    l1 <- lapply(1:niter, function(i) {
        data2[, var1] <- fitted1 + sample(scale(resid1, scale = FALSE), 
            replace = TRUE)
        nls2 <- try(update(nls, start = as.list(coef(nls)), data = data2), 
            silent = TRUE)
        if (inherits(nls2, "nls")) 
            return(list(coef = coef(nls2), rse = summary(nls2)$sigma))
    })
    if (sum(sapply(l1, is.null)) > niter/2) 
        stop(paste("Procedure aborted: the fit only converged in", 
            round(sum(sapply(l1, is.null))/niter), "% during bootstrapping"))
    tabboot <- sapply(l1[!sapply(l1, is.null)], function(z) z$coef)
    rseboot <- sapply(l1[!sapply(l1, is.null)], function(z) z$rse)
    recapboot <- t(apply(tabboot, 1, quantile, c(0.5, 0.025, 
        0.975)))
    colnames(recapboot) <- c("Median", "2.5%", "97.5%")
    estiboot <- t(apply(tabboot, 1, function(z) c(mean(z), sd(z))))
    colnames(estiboot) <- c("Estimate", "Std. error")
    serr <- sum(sapply(l1, is.null))
    if (serr > 0) 
        warning(paste("The fit did not converge", serr, "times during bootstrapping"))
    listboot <- list(coefboot = t(tabboot), rse = rseboot, bootCI = recapboot, 
        estiboot = estiboot)
    class(listboot) <- "nlsBoot"
    return(listboot)
}
于 2012-12-12T15:38:01.687 回答
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我无法重现该错误（作为答案发布，而不是为体面的代码格式发表评论）。

set.seed(101)
d <- data.frame(X=rlnorm(100),Y=runif(100))
thisfit=nls(Y ~ a*X^b,data=d, start = list(a = .1, b = .1)) 
library(nlstools)
a=nlsBoot (thisfit, niter = 999)
cr= nlsConfRegions(thisfit, exp = 2, length = 200) 
## 100%
##  Confidence regions array returned 
res= data.frame(X, pred = predict(thisfit))

下一行将失败，因为您尚未创建绘图：

## points(res[order(X),], type='l', col="grey40", lty=1) 
## Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : 
##    plot.new has not been called yet

plot(cr)似乎确实有效；也一样plot(res[order(X),])

于 2012-12-11T20:32:30.137 回答
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我在这里发布这个是因为我发现了同样的问题并且答案似乎并不明确。像 nlsJack 和 nlsBoot 这样的 nlstools 需要访问原始数据集，因为传递给函数的只是 nls 对象，它不包含指向原始数据的链接，只是它的标签。因此，当您将数据集作为全局对象提供时，nlsBoot（或 nlsJack）将找到它并运行分析。

于 2016-01-22T23:54:25.453 回答
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我在使用包含NA's 的数据时遇到了同样的问题。一旦我删除了NA's，代码就可以正常工作。

于 2020-06-02T20:08:50.443 回答