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我正在研究流式细胞仪。我想使用 python 解析 .fcs 文件。我在互联网上研究过有一个模块fcm，但那是针对 linux os 的，我正在 Windows 上工作。

我想知道如何使用 python 在 windows 中解析 .fcs 文件？
如果有人知道我如何fcm在 Windows 中使用也请告诉我。

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Pyfcm 确实适用于 Windows。加载 fcs 文件的教程位于http://packages.python.org/fcm/basic.html。安装程序位于http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#py-fcm

于 2012-12-08T05:46:41.513 回答
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查看FlowPy。其下载页面上列出的先决条件都链接到 Windows 二进制文件。似乎是一个不错的 FCS GUI（甚至是非 GUI）项目。

于 2012-12-08T04:21:51.203 回答
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另一个用于分析流式细胞仪数据的 python 项目是 FlowCytometryTools：http ://gorelab.bitbucket.org/flowcytometrytools/

在 python 设置好所需的依赖项（matplotlib、pandas 等）后，这应该可以在任何操作系统上运行。

于 2014-06-06T14:41:13.540 回答
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我是FCM代码库的维护者，原作者毕业后继承。FCM 的开发是为了支持分层 Dirichlet 过程 (HDP) 聚类算法。我最终决定将功能分成 3 个不同的库：

  • FlowIO : 适用于只需要读取 FCS 数据或创建新 FCS 文件的用户
  • FlowUtils：用于执行基本的流功能（补偿和变换）
  • FlowStats：对于那些希望使用特定 HDP 聚类算法的人

除此之外，我们最近开始开发FlowKit，它有望成为流式细胞术分析和可视化的更高级和（希望）更直观的 Python 框架，包括 GatingML 支持。

请注意，FlowIO 和 FlowUtils 都在 PyPI 上并且可以通过 pip 安装，并且由于减少了依赖项的数量和最近的错误修复，两者都应该与包括 Windows、Mac 和 Linux 在内的所有平台更兼容。

于 2019-01-26T00:48:59.630 回答